Detalles de la búsqueda
1.
An in vitro model of tumor heterogeneity resolves genetic, epigenetic, and stochastic sources of cell state variability.
PLoS Biol
; 19(6): e3000797, 2021 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34061819
2.
Unified tumor growth mechanisms from multimodel inference and dataset integration.
PLoS Comput Biol
; 19(7): e1011215, 2023 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37406008
3.
A biochemical necroptosis model explains cell-type-specific responses to cell death cues.
Biophys J
; 122(5): 817-834, 2023 03 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36710493
4.
Thunor: visualization and analysis of high-throughput dose-response datasets.
Nucleic Acids Res
; 49(W1): W633-W640, 2021 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34038546
5.
Unsupervised logic-based mechanism inference for network-driven biological processes.
PLoS Comput Biol
; 17(6): e1009035, 2021 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34077417
6.
An unbiased metric of antiproliferative drug effect in vitro.
Nat Methods
; 13(6): 497-500, 2016 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27135974
7.
A Nonquiescent "Idling" Population State in Drug-Treated, BRAF-Mutated Melanoma.
Biophys J
; 114(6): 1499-1511, 2018 03 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29590606
8.
GPU-powered model analysis with PySB/cupSODA.
Bioinformatics
; 33(21): 3492-3494, 2017 Nov 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28666314
9.
Activated Oncogenic Pathway Modifies Iron Network in Breast Epithelial Cells: A Dynamic Modeling Perspective.
PLoS Comput Biol
; 13(2): e1005352, 2017 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28166223
10.
BioNetGen 2.2: advances in rule-based modeling.
Bioinformatics
; 32(21): 3366-3368, 2016 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27402907
11.
Modeling for (physical) biologists: an introduction to the rule-based approach.
Phys Biol
; 12(4): 045007, 2015 Jul 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26178138
12.
Exact hybrid particle/population simulation of rule-based models of biochemical systems.
PLoS Comput Biol
; 10(4): e1003544, 2014 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24699269
13.
MOSBIE: a tool for comparison and analysis of rule-based biochemical models.
BMC Bioinformatics
; 15: 316, 2014 Sep 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25253680
14.
Concepts of multi-level dynamical modelling: understanding mechanisms of squamous cell carcinoma development in Fanconi anemia.
Front Genet
; 14: 1254966, 2023.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38028610
15.
Involvement of Epithelial-Mesenchymal Transition Genes in Small Cell Lung Cancer Phenotypic Plasticity.
Cancers (Basel)
; 15(5)2023 Feb 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36900269
16.
Real-time luminescence enables continuous drug-response analysis in adherent and suspension cell lines.
Cancer Biol Ther
; 23(1): 358-368, 2022 12 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35443861
17.
Processes in DNA damage response from a whole-cell multi-omics perspective.
iScience
; 25(11): 105341, 2022 Nov 18.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36339253
18.
Accurate implementation of leaping in space: the spatial partitioned-leaping algorithm.
J Chem Phys
; 132(9): 094101, 2010 Mar 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20210383
19.
Systems biology markup language (SBML) level 3 package: multistate, multicomponent and multicompartment species, version 1, release 2.
J Integr Bioinform
; 17(2-3)2020 Jul 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32628633
20.
Quantifying stochastic effects in biochemical reaction networks using partitioned leaping.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 79(5 Pt 1): 051906, 2009 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19518479