Detalles de la búsqueda
1.
ColabFold: making protein folding accessible to all.
Nat Methods
; 19(6): 679-682, 2022 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35637307
2.
Biosynthesis and trafficking of heme o and heme a: new structural insights and their implications for reaction mechanisms and prenylated heme transfer.
Crit Rev Biochem Mol Biol
; 56(6): 640-668, 2021 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34428995
3.
Multi-state modeling of G-protein coupled receptors at experimental accuracy.
Proteins
; 90(11): 1873-1885, 2022 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35510704
4.
Physics-based protein structure refinement in the era of artificial intelligence.
Proteins
; 89(12): 1870-1887, 2021 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34156124
5.
GalaxyWater-wKGB: Prediction of Water Positions on Protein Structure Using wKGB Statistical Potential.
J Chem Inf Model
; 61(5): 2283-2293, 2021 05 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33938216
6.
GalaxyRefine2: simultaneous refinement of inaccurate local regions and overall protein structure.
Nucleic Acids Res
; 47(W1): W451-W455, 2019 07 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31001635
7.
Experimental accuracy in protein structure refinement via molecular dynamics simulations.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(52): 13276-13281, 2018 12 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30530696
8.
High-accuracy protein structures by combining machine-learning with physics-based refinement.
Proteins
; 88(5): 637-642, 2020 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31693199
9.
Driven to near-experimental accuracy by refinement via molecular dynamics simulations.
Proteins
; 87(12): 1263-1275, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31197841
10.
PREFMD: a web server for protein structure refinement via molecular dynamics simulations.
Bioinformatics
; 34(6): 1063-1065, 2018 03 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29126101
11.
GalaxyHomomer: a web server for protein homo-oligomer structure prediction from a monomer sequence or structure.
Nucleic Acids Res
; 45(W1): W320-W324, 2017 07 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28387820
12.
What makes it difficult to refine protein models further via molecular dynamics simulations?
Proteins
; 86 Suppl 1: 177-188, 2018 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28975670
13.
Simultaneous refinement of inaccurate local regions and overall structure in the CASP12 protein model refinement experiment.
Proteins
; 86 Suppl 1: 168-176, 2018 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29044810
14.
Structure refinement of membrane proteins via molecular dynamics simulations.
Proteins
; 86(7): 738-750, 2018 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29675899
15.
The challenge of modeling protein assemblies: the CASP12-CAPRI experiment.
Proteins
; 86 Suppl 1: 257-273, 2018 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29127686
16.
GalaxyPepDock: a protein-peptide docking tool based on interaction similarity and energy optimization.
Nucleic Acids Res
; 43(W1): W431-5, 2015 Jul 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25969449
17.
Effective protein model structure refinement by loop modeling and overall relaxation.
Proteins
; 84 Suppl 1: 293-301, 2016 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26172288
18.
Prediction of homoprotein and heteroprotein complexes by protein docking and template-based modeling: A CASP-CAPRI experiment.
Proteins
; 84 Suppl 1: 323-48, 2016 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27122118
19.
Factors affecting redox potential and differential sensitivity of SoxR to redox-active compounds.
Mol Microbiol
; 97(5): 808-21, 2015 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25998932
20.
GalaxySite: ligand-binding-site prediction by using molecular docking.
Nucleic Acids Res
; 42(Web Server issue): W210-4, 2014 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24753427