Detalles de la búsqueda
1.
A cutoff-based method with charge-distribution-data driven pair potentials for efficiently estimating electrostatic interactions in molecular systems.
J Chem Phys
; 159(23)2023 Dec 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38112509
2.
Generalized-ensemble method study: A helix-mimetic compound inhibits protein-protein interaction by long-range and short-range intermolecular interactions.
J Comput Chem
; 42(14): 956-969, 2021 05 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33755222
3.
Flexibility and Cell Permeability of Cyclic Ras-Inhibitor Peptides Revealed by the Coupled Nosé-Hoover Equation.
J Chem Inf Model
; 61(4): 1921-1930, 2021 04 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33835817
4.
Molecular Interaction Mechanism of a 14-3-3 Protein with a Phosphorylated Peptide Elucidated by Enhanced Conformational Sampling.
J Chem Inf Model
; 60(10): 4867-4880, 2020 10 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32910853
5.
Phosphorylation of an intrinsically disordered region of Ets1 shifts a multi-modal interaction ensemble to an auto-inhibitory state.
Nucleic Acids Res
; 46(5): 2243-2251, 2018 03 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29309620
6.
Multidimensional virtual-system coupled canonical molecular dynamics to compute free-energy landscapes of peptide multimer assembly.
J Comput Chem
; 40(28): 2453-2463, 2019 10 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31282023
7.
Molecular dynamics coupled with a virtual system for effective conformational sampling.
J Comput Chem
; 39(19): 1291-1299, 2018 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29464736
8.
Multi-dimensional virtual system introduced to enhance canonical sampling.
J Chem Phys
; 147(13): 134102, 2017 Oct 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28987097
9.
Enhancement of canonical sampling by virtual-state transitions.
J Chem Phys
; 146(4): 044104, 2017 01 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28147529
10.
Enhanced conformational sampling to visualize a free-energy landscape of protein complex formation.
Biochem J
; 473(12): 1651-62, 2016 06 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27288028
11.
Dynamics of the Extended String-Like Interaction of TFIIE with the p62 Subunit of TFIIH.
Biophys J
; 111(5): 950-62, 2016 Sep 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27602723
12.
Intrinsic disorder accelerates dissociation rather than association.
Proteins
; 84(8): 1124-33, 2016 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27122223
13.
Variation of free-energy landscape of the p53 C-terminal domain induced by acetylation: Enhanced conformational sampling.
J Comput Chem
; 37(31): 2687-2700, 2016 12 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27735058
14.
Virtual-system-coupled adaptive umbrella sampling to compute free-energy landscape for flexible molecular docking.
J Comput Chem
; 36(20): 1489-501, 2015 Jul 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26045390
15.
Computational Study of Drug Binding Affinity to Influenza A Neuraminidase Using Smooth Reaction Path Generation (SRPG) Method.
J Chem Inf Model
; 55(9): 1936-43, 2015 Sep 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26247106
16.
Multi-scale ensemble modeling of modular proteins with intrinsically disordered linker regions: application to p53.
Biophys J
; 107(3): 721-729, 2014 Aug 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25099811
17.
High-resolution modeling of antibody structures by a combination of bioinformatics, expert knowledge, and molecular simulations.
Proteins
; 82(8): 1624-35, 2014 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24756852
18.
Free-energy landscape of intrinsically disordered proteins investigated by all-atom multicanonical molecular dynamics.
Adv Exp Med Biol
; 805: 331-51, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24446368
19.
Binding Mechanism of Riboswitch to Natural Ligand Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking Simulations.
ACS Omega
; 9(3): 3412-3422, 2024 Jan 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38284074
20.
A virtual-system coupled multicanonical molecular dynamics simulation: principles and applications to free-energy landscape of protein-protein interaction with an all-atom model in explicit solvent.
J Chem Phys
; 138(18): 184106, 2013 May 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23676028