Detalles de la búsqueda
1.
Ingenuity in performing replica permutation: How to order the state labels for improving sampling efficiency.
J Comput Chem
; 44(4): 534-545, 2023 02 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36346137
2.
Energetics and kinetics of substrate analog-coupled staphylococcal nuclease folding revealed by a statistical mechanical approach.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(33): 19953-19962, 2020 08 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32737158
3.
Replica permutation with solute tempering for molecular dynamics simulation and its application to the dimerization of amyloid-ß fragments.
J Chem Phys
; 156(8): 084109, 2022 Feb 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35232199
4.
State-of-the-Art Molecular Dynamics Simulation Studies of RNA-Dependent RNA Polymerase of SARS-CoV-2.
Int J Mol Sci
; 23(18)2022 Sep 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36142270
5.
Molecular Dynamics Simulation Studies on the Aggregation of Amyloid-ß Peptides and Their Disaggregation by Ultrasonic Wave and Infrared Laser Irradiation.
Molecules
; 27(8)2022 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35458686
6.
"Bucket brigade" using lysine residues in RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2.
Biophys J
; 120(17): 3615-3627, 2021 09 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34339634
7.
Dynamic properties of SARS-CoV and SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerases studied by molecular dynamics simulations.
Chem Phys Lett
; 778: 138819, 2021 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34127868
8.
Promotion and Inhibition of Amyloid-ß Peptide Aggregation: Molecular Dynamics Studies.
Int J Mol Sci
; 22(4)2021 Feb 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33668406
9.
Molecular dynamics simulations of amyloid-ß(16-22) peptide aggregation at air-water interfaces.
J Chem Phys
; 152(9): 095101, 2020 Mar 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33480728
10.
Publisher's Note: "Replica permutation with solute tempering for molecular dynamics simulation and its application to the dimerization of amyloid-ß fragments" [J. Chem. Phys. 156, 084109 (2022)].
J Chem Phys
; 156(11): 119901, 2022 03 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35317587
11.
Amyloid fibril disruption by ultrasonic cavitation: nonequilibrium molecular dynamics simulations.
J Am Chem Soc
; 136(30): 10549-52, 2014 Jul 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24987794
12.
Coulomb replica-exchange method: handling electrostatic attractive and repulsive forces for biomolecules.
J Comput Chem
; 34(8): 622-39, 2013 Mar 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23197415
13.
Hamiltonian replica-permutation method and its applications to an alanine dipeptide and amyloid-ß(29-42) peptides.
J Comput Chem
; 34(29): 2493-7, 2013 Nov 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23925979
14.
On-the-fly reconstruction of free-energy profiles using logarithmic mean-force dynamics.
J Comput Chem
; 34(16): 1375-84, 2013 Jun 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23460528
15.
Transformation of a design peptide between the α-helix and ß-hairpin structures using a helix-strand replica-exchange molecular dynamics simulation.
Phys Chem Chem Phys
; 15(33): 13852-61, 2013 Sep 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23839056
16.
Decomposition-order effects of time integrator on ensemble averages for the Nosé-Hoover thermostat.
J Chem Phys
; 139(6): 064103, 2013 Aug 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23947839
17.
Dissociation process of polyalanine aggregates by free electron laser irradiation.
PLoS One
; 18(9): e0291093, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37683014
18.
Inhibition of amyloid-ß(16-22) aggregation by polyphenols using replica permutation with solute tempering molecular dynamics simulation.
Biophys Physicobiol
; 20(4): e200045, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38344035
19.
The Double-Layered Structure of Amyloid-ß Assemblage on GM1-Containing Membranes Catalytically Promotes Fibrillization.
ACS Chem Neurosci
; 14(15): 2648-2657, 2023 08 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37482658
20.
All-Atom Molecular Dynamics Simulation Methods for the Aggregation of Protein and Peptides: Replica Exchange/Permutation and Nonequilibrium Simulations.
Methods Mol Biol
; 2340: 197-220, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35167076