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1.
Molecular dynamics simulation-based trinucleotide and tetranucleotide level structural and energy characterization of the functional units of genomic DNA.
Phys Chem Chem Phys
; 25(10): 7323-7337, 2023 Mar 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36825435
2.
Intron exon boundary junctions in human genome have in-built unique structural and energetic signals.
Nucleic Acids Res
; 49(5): 2674-2683, 2021 03 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33621338
3.
A small molecule targeting hepatitis B surface antigen inhibits clinically relevant drug-resistant hepatitis B virus.
J Antimicrob Chemother
; 77(8): 2120-2124, 2022 07 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35514268
4.
A novel method SEProm for prokaryotic promoter prediction based on DNA structure and energetics.
Bioinformatics
; 36(8): 2375-2384, 2020 04 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31909789
5.
Stimulation of heat shock protein 90 chaperone function through binding of a novobiocin analog KU-32.
J Biol Chem
; 294(16): 6450-6467, 2019 04 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30792306
6.
Improving the binding affinity estimations of protein-ligand complexes using machine-learning facilitated force field method.
J Comput Aided Mol Des
; 34(8): 817-830, 2020 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32185583
7.
Active repurposing of drug candidates for melanoma based on GWAS, PheWAS and a wide range of omics data.
Mol Med
; 25(1): 30, 2019 06 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31221082
8.
C5' omitted DNA enhances bendability and protein binding.
Biochem Biophys Res Commun
; 514(3): 979-984, 2019 06 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31092333
9.
Design, synthesis and glycosidase inhibition studies of novel triazole fused iminocyclitol-δ-lactams.
Org Biomol Chem
; 17(5): 1130-1140, 2019 01 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30633287
10.
Physico-chemical fingerprinting of RNA genes.
Nucleic Acids Res
; 45(7): e47, 2017 04 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27932456
11.
Where Informatics Lags Chemistry Leads.
Biochemistry
; 57(5): 503-506, 2018 02 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29265808
12.
A DNA intercalation methodology for an efficient prediction of ligand binding pose and energetics.
Bioinformatics
; 33(10): 1488-1496, 2017 May 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28073762
13.
A computational protocol for the discovery of lead molecules targeting DNA unique to pathogens.
Methods
; 131: 4-9, 2017 12 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28733089
14.
ProTSAV: A protein tertiary structure analysis and validation server.
Biochim Biophys Acta
; 1864(1): 11-9, 2016 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26478257
15.
Design and characterization of symmetric nucleic acids via molecular dynamics simulations.
Biopolymers
; 107(4)2017 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27861723
16.
Protein folding is a convergent problem!
Biochem Biophys Res Commun
; 480(4): 741-744, 2016 11 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27983988
17.
Structure guided design of potential inhibitors of human calcium-calmodulin dependent protein kinase IV containing pyrimidine scaffold.
Bioorg Med Chem Lett
; 26(3): 782-788, 2016 Feb 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26783179
18.
Development of cyanopyridine-triazine hybrids as lead multitarget anti-Alzheimer agents.
Bioorg Med Chem
; 24(12): 2777-88, 2016 06 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27157006
19.
µABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA.
Nucleic Acids Res
; 42(19): 12272-83, 2014 Oct 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25260586
20.
D2N: Distance to the native.
Biochim Biophys Acta
; 1844(10): 1798-807, 2014 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25062912