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Molecular mechanism of anion permeation through aquaporin 6.
Biophys J
; 2024 Jun 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38894539
2.
DeepFold: enhancing protein structure prediction through optimized loss functions, improved template features, and re-optimized energy function.
Bioinformatics
; 39(12)2023 12 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37995286
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Structural studies of a bacterial condensin complex reveal ATP-dependent disruption of intersubunit interactions.
Cell
; 136(1): 85-96, 2009 Jan 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19135891
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Application of conformational space annealing to the protein structure modeling using cryo-EM maps.
J Comput Chem
; 44(30): 2332-2346, 2023 11 15.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37585026
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CRFalign: A Sequence-Structure Alignment of Proteins Based on a Combination of HMM-HMM Comparison and Conditional Random Fields.
Molecules
; 27(12)2022 Jun 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35744836
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ConDo: protein domain boundary prediction using coevolutionary information.
Bioinformatics
; 35(14): 2411-2417, 2019 07 15.
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| MEDLINE | ID: mdl-30500873
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Improved Consensus-Fragment Selection in Template-Assisted Prediction of Protein Structures with the UNRES Force Field in CASP13.
J Chem Inf Model
; 60(3): 1844-1864, 2020 03 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31999919
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A Coil-to-Helix Transition Serves as a Binding Motif for hSNF5 and BAF155 Interaction.
Int J Mol Sci
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| MEDLINE | ID: mdl-32244797
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Data-assisted protein structure modeling by global optimization in CASP12.
Proteins
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| MEDLINE | ID: mdl-29341255
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Methods for estimation of model accuracy in CASP12.
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| MEDLINE | ID: mdl-28975666
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Protein structure modeling and refinement by global optimization in CASP12.
Proteins
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| MEDLINE | ID: mdl-29159837
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An artificially constructed dimer through deformation of a short zinc-binding loop.
Biochim Biophys Acta Proteins Proteom
; 1866(2): 205-213, 2018 Feb.
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| MEDLINE | ID: mdl-29122686
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Ergodicity and model quality in template-restrained canonical and temperature/Hamiltonian replica exchange coarse-grained molecular dynamics simulations of proteins.
J Comput Chem
; 38(31): 2730-2746, 2017 12 05.
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| MEDLINE | ID: mdl-28940211
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Protein Loop Structure Prediction Using Conformational Space Annealing.
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| MEDLINE | ID: mdl-28398048
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| MEDLINE | ID: mdl-26677100
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Template-free modeling by LEE and LEER in CASP11.
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| MEDLINE | ID: mdl-26474186
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Template based protein structure modeling by global optimization in CASP11.
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| MEDLINE | ID: mdl-26329522
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Use of Restraints from Consensus Fragments of Multiple Server Models To Enhance Protein-Structure Prediction Capability of the UNRES Force Field.
J Chem Inf Model
; 56(11): 2263-2279, 2016 11 28.
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| MEDLINE | ID: mdl-27749055
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Sigma-RF: prediction of the variability of spatial restraints in template-based modeling by random forest.
BMC Bioinformatics
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| MEDLINE | ID: mdl-25886990
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Protein structure determination by conformational space annealing using NMR geometric restraints.
Proteins
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| MEDLINE | ID: mdl-26454251