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1.
Multiscale Dynamic Structuring of Bacterial Chromosomes.
Annu Rev Microbiol
; 75: 541-561, 2021 10 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34343019
2.
Assessing in vivo the impact of gene context on transcription through DNA supercoiling.
Nucleic Acids Res
; 51(18): 9509-9521, 2023 Oct 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37667073
3.
Diversification of Ubiquinone Biosynthesis via Gene Duplications, Transfers, Losses, and Parallel Evolution.
Mol Biol Evol
; 40(10)2023 10 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37788637
4.
Supercoiled DNA and non-equilibrium formation of protein complexes: A quantitative model of the nucleoprotein ParBS partition complex.
PLoS Comput Biol
; 17(4): e1008869, 2021 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33861734
5.
Requirements for DNA-Bridging Proteins to Act as Topological Barriers of the Bacterial Genome.
Biophys J
; 119(6): 1215-1225, 2020 09 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32822585
6.
Universal and idiosyncratic characteristic lengths in bacterial genomes.
Phys Biol
; 15(3): 035001, 2018 03 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29512518
7.
Assessing the limits of restraint-based 3D modeling of genomes and genomic domains.
Nucleic Acids Res
; 43(7): 3465-77, 2015 Apr 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25800747
8.
Polymer modeling of the E. coli genome reveals the involvement of locus positioning and macrodomain structuring for the control of chromosome conformation and segregation.
Nucleic Acids Res
; 42(3): 1461-73, 2014 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24194594
9.
Thermodynamics of long supercoiled molecules: insights from highly efficient Monte Carlo simulations.
Biophys J
; 109(1): 135-43, 2015 Jul 07.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26153710
10.
PreCisIon: PREdiction of CIS-regulatory elements improved by gene's positION.
Nucleic Acids Res
; 41(3): 1406-15, 2013 Feb 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23241390
11.
CTCF-mediated transcriptional regulation through cell type-specific chromosome organization in the ß-globin locus.
Nucleic Acids Res
; 40(16): 7718-27, 2012 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22705794
12.
DNA supercoiling in bacteria: state of play and challenges from a viewpoint of physics based modeling.
Front Microbiol
; 14: 1192831, 2023.
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| MEDLINE | ID: mdl-37965550
13.
Computational Tools for the Multiscale Analysis of Hi-C Data in Bacterial Chromosomes.
Methods Mol Biol
; 2301: 197-207, 2022.
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| MEDLINE | ID: mdl-34415537
14.
Spatial and topological organization of DNA chains induced by gene co-localization.
PLoS Comput Biol
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| MEDLINE | ID: mdl-20169181
15.
Dynamics of the compartmentalized Streptomyces chromosome during metabolic differentiation.
Nat Commun
; 12(1): 5221, 2021 09 01.
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| MEDLINE | ID: mdl-34471117
16.
Distinct Activities of Bacterial Condensins for Chromosome Management in Pseudomonas aeruginosa.
Cell Rep
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| MEDLINE | ID: mdl-33147461
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Intracellular Positioning Systems Limit the Entropic Eviction of Secondary Replicons Toward the Nucleoid Edges in Bacterial Cells.
J Mol Biol
; 432(3): 745-761, 2020 02 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31931015
18.
A Two-Enzyme Adaptive Unit within Bacterial Folate Metabolism.
Cell Rep
; 27(11): 3359-3370.e7, 2019 06 11.
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| MEDLINE | ID: mdl-31189117
19.
Unstructured intermediate states in single protein force experiments.
Proteins
; 71(3): 1145-55, 2008 May 15.
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| MEDLINE | ID: mdl-18004761
20.
Modeling Bacterial DNA: Simulation of Self-Avoiding Supercoiled Worm-Like Chains Including Structural Transitions of the Helix.
Methods Mol Biol
; 1624: 323-337, 2017.
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| MEDLINE | ID: mdl-28842893