Detalles de la búsqueda
1.
Click and Detect: Versatile Ampicillin Aptasensor Enabled by Click Chemistry on a Graphene-Alkyne Derivative.
Small
; 19(51): e2207216, 2023 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36703534
2.
Sensitivity of the RNA Structure to Ion Conditions as Probed by Molecular Dynamics Simulations of Common Canonical RNA Duplexes.
J Chem Inf Model
; 63(7): 2133-2146, 2023 04 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36989143
3.
Computer Aided Development of Nucleic Acid Applications in Nanotechnologies.
Small
; 18(49): e2204408, 2022 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36216589
4.
Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes.
Nucleic Acids Res
; 47(14): 7276-7293, 2019 08 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31318975
5.
Structural dynamics of propeller loop: towards folding of RNA G-quadruplex.
Nucleic Acids Res
; 46(17): 8754-8771, 2018 09 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30165550
6.
Folding of guanine quadruplex molecules-funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies.
Biochim Biophys Acta Gen Subj
; 1861(5 Pt B): 1246-1263, 2017 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27979677
7.
Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations.
Nucleic Acids Res
; 43(20): 9626-44, 2015 Nov 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26433223
8.
Atomistic Insights into Organization of RNA-Loaded Lipid Nanoparticles.
J Phys Chem B
; 127(5): 1158-1166, 2023 02 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36602349
9.
Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations.
J Chem Theory Comput
; 19(22): 8423-8433, 2023 Nov 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37944118
10.
Force-field dependence of chignolin folding and misfolding: comparison with experiment and redesign.
Biophys J
; 102(8): 1897-906, 2012 Apr 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22768946
11.
Automatic Learning of Hydrogen-Bond Fixes in the AMBER RNA Force Field.
J Chem Theory Comput
; 18(7): 4490-4502, 2022 Jul 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35699952
12.
Toward Convergence in Folding Simulations of RNA Tetraloops: Comparison of Enhanced Sampling Techniques and Effects of Force Field Modifications.
J Chem Theory Comput
; 18(4): 2642-2656, 2022 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35363478
13.
Role of Ionizable Lipids in SARS-CoV-2 Vaccines As Revealed by Molecular Dynamics Simulations: From Membrane Structure to Interaction with mRNA Fragments.
J Phys Chem Lett
; 12(45): 11199-11205, 2021 Nov 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34761943
14.
W-RESP: Well-Restrained Electrostatic Potential-Derived Charges. Revisiting the Charge Derivation Model.
J Chem Theory Comput
; 17(6): 3495-3509, 2021 Jun 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33999623
15.
Fine-Tuning of the AMBER RNA Force Field with a New Term Adjusting Interactions of Terminal Nucleotides.
J Chem Theory Comput
; 16(6): 3936-3946, 2020 Jun 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32384244
16.
UUCG RNA Tetraloop as a Formidable Force-Field Challenge for MD Simulations.
J Chem Theory Comput
; 16(12): 7601-7617, 2020 Dec 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33215915
17.
Improving the Performance of the Amber RNA Force Field by Tuning the Hydrogen-Bonding Interactions.
J Chem Theory Comput
; 15(5): 3288-3305, 2019 May 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30896943
18.
Local-to-global signal transduction at the core of a Mn2+ sensing riboswitch.
Nat Commun
; 10(1): 4304, 2019 09 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31541094
19.
Mapping the Chemical Space of the RNA Cleavage and Its Implications for Ribozyme Catalysis.
J Phys Chem B
; 121(48): 10828-10840, 2017 12 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29116814
20.
How to understand atomistic molecular dynamics simulations of RNA and protein-RNA complexes?
Wiley Interdiscip Rev RNA
; 8(3)2017 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27863061