Detalles de la búsqueda
1.
Protein-ligand binding affinity prediction of cyclin-dependent kinase-2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital-based interaction energy.
J Comput Chem
; 43(20): 1362-1371, 2022 07 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35678372
2.
Molecular dynamics simulation-guided drug sensitivity prediction for lung cancer with rare EGFR mutations.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(20): 10025-10030, 2019 05 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31043566
3.
Coarse-Grained Diffraction Template Matching Model to Retrieve Multiconformational Models for Biomolecule Structures from Noisy Diffraction Patterns.
J Chem Inf Model
; 60(6): 2803-2818, 2020 06 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32469517
4.
High-Precision Atomic Charge Prediction for Protein Systems Using Fragment Molecular Orbital Calculation and Machine Learning.
J Chem Inf Model
; 60(7): 3361-3368, 2020 07 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32496771
5.
Nucleosome Crowding in Chromatin Slows the Diffusion but Can Promote Target Search of Proteins.
Biophys J
; 116(12): 2285-2295, 2019 06 18.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31151739
6.
Modeling Structural Dynamics of Biomolecular Complexes by Coarse-Grained Molecular Simulations.
Acc Chem Res
; 48(12): 3026-35, 2015 Dec 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26575522
7.
Nucleotide-dependent structural fluctuations and regulation of microtubule-binding affinity of KIF1A.
Proteins
; 83(5): 809-19, 2015 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25684691
8.
Structure-based molecular simulations reveal the enhancement of biased Brownian motions in single-headed kinesin.
PLoS Comput Biol
; 9(2): e1002907, 2013.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23459019
9.
Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model.
J Chem Theory Comput
; 20(1): 7-17, 2024 Jan 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38148034
10.
Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics.
J Chem Theory Comput
; 18(4): 2062-2074, 2022 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35325529
11.
A thermodynamically consistent monte carlo cross-bridge model with a trapping mechanism reveals the role of stretch activation in heart pumping.
Front Physiol
; 13: 855303, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36160842
12.
Semi-Implicit Time Integration with Hessian Eigenvalue Corrections for a Larger Time Step in Molecular Dynamics Simulations.
J Chem Theory Comput
; 17(9): 5792-5804, 2021 Sep 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34351147
13.
Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity.
NPJ Precis Oncol
; 5(1): 32, 2021 Apr 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33863983
14.
Exploring Successful Parameter Region for Coarse-Grained Simulation of Biomolecules by Bayesian Optimization and Active Learning.
Biomolecules
; 10(3)2020 03 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32245275
15.
Stabilization Mechanism for a Nonfibrillar Amyloid ß Oligomer Based on Formation of a Hydrophobic Core Determined by Dissipative Particle Dynamics.
ACS Chem Neurosci
; 11(3): 385-394, 2020 02 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31899612
16.
Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance.
EBioMedicine
; 41: 105-119, 2019 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30662002
17.
Coupling Langevin Dynamics With Continuum Mechanics: Exposing the Role of Sarcomere Stretch Activation Mechanisms to Cardiac Function.
Front Physiol
; 9: 333, 2018.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29681861
18.
Theoretical model for motility and processivity of two-headed molecular motors.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 67(6 Pt 1): 061917, 2003 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16241271
19.
Energetics of the single-headed kinesin KIF1A.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 88(2): 022711, 2013 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24032868
20.
CafeMol: A Coarse-Grained Biomolecular Simulator for Simulating Proteins at Work.
J Chem Theory Comput
; 7(6): 1979-89, 2011 Jun 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26596457
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