Detalles de la búsqueda
1.
EnGens: a computational framework for generation and analysis of representative protein conformational ensembles.
Brief Bioinform
; 24(4)2023 07 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37418278
2.
APE-Gen2.0: Expanding Rapid Class I Peptide-Major Histocompatibility Complex Modeling to Post-Translational Modifications and Noncanonical Peptide Geometries.
J Chem Inf Model
; 64(5): 1730-1750, 2024 Mar 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38415656
3.
Markov state modeling reveals alternative unbinding pathways for peptide-MHC complexes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(48): 30610-30618, 2020 12 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33184174
4.
Improving the organization and interactivity of metabolic pathfinding with precomputed pathways.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 13, 2020 Jan 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31924164
5.
A Robotics-Inspired Screening Algorithm for Molecular Caging Prediction.
J Chem Inf Model
; 60(3): 1302-1316, 2020 03 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32130862
6.
Machine Learning Guided Atom Mapping of Metabolic Reactions.
J Chem Inf Model
; 59(3): 1121-1135, 2019 03 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30500191
7.
APE-Gen: A Fast Method for Generating Ensembles of Bound Peptide-MHC Conformations.
Molecules
; 24(5)2019 Mar 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30832312
8.
Quantitative comparison of adaptive sampling methods for protein dynamics.
J Chem Phys
; 149(24): 244119, 2018 Dec 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30599712
9.
Revealing Unknown Protein Structures Using Computational Conformational Sampling Guided by Experimental Hydrogen-Exchange Data.
Int J Mol Sci
; 19(11)2018 Oct 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30384411
10.
Structure-guided selection of specificity determining positions in the human Kinome.
BMC Genomics
; 17 Suppl 4: 431, 2016 08 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27556159
11.
Combinatorial clustering of residue position subsets predicts inhibitor affinity across the human kinome.
PLoS Comput Biol
; 9(6): e1003087, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23754939
12.
HLAEquity: Examining biases in pan-allele peptide-HLA binding predictors.
iScience
; 27(1): 108613, 2024 Jan 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38188519
13.
Transfer learning improves pMHC kinetic stability and immunogenicity predictions.
Immunoinformatics (Amst)
; 132024 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38577265
14.
DINC: a new AutoDock-based protocol for docking large ligands.
BMC Struct Biol
; 13 Suppl 1: S11, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24564952
15.
An end-to-end deep learning framework for translating mass spectra to de-novo molecules.
Commun Chem
; 6(1): 132, 2023 Jun 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37353554
16.
PepSim: T-cell cross-reactivity prediction via comparison of peptide sequence and peptide-HLA structure.
Front Immunol
; 14: 1108303, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37187737
17.
EnGens: a computational framework for generation and analysis of representative protein conformational ensembles.
bioRxiv
; 2023 Apr 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37163076
18.
The LabelHash server and tools for substructure-based functional annotation.
Bioinformatics
; 27(15): 2161-2, 2011 Aug 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21659320
19.
3pHLA-score improves structure-based peptide-HLA binding affinity prediction.
Sci Rep
; 12(1): 10749, 2022 06 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35750701
20.
SARS-Arena: Sequence and Structure-Guided Selection of Conserved Peptides from SARS-related Coronaviruses for Novel Vaccine Development.
Front Immunol
; 13: 931155, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35903104