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1.
Prediction and design of protease enzyme specificity using a structure-aware graph convolutional network.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(39): e2303590120, 2023 09 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37729196
2.
Massively parallel, computationally guided design of a proenzyme.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(15): e2116097119, 2022 04 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35377786
3.
Genetic and Structural Analysis of SARS-CoV-2 Spike Protein for Universal Epitope Selection.
Mol Biol Evol
; 39(5)2022 05 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35511693
4.
Macromolecular modeling and design in Rosetta: recent methods and frameworks.
Nat Methods
; 17(7): 665-680, 2020 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32483333
5.
Monomer Choice Influences N-Acryloyl Amino Acid Grafter Conversion via Protease Catalysis.
Biomacromolecules
; 24(4): 1798-1809, 2023 04 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36996092
6.
Tuning Enzyme Thermostability via Computationally Guided Covalent Stapling and Structural Basis of Enhanced Stabilization.
Biochemistry
; 2022 May 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35612958
7.
Enantioselective Synthesis of α-Trifluoromethyl Amines via Biocatalytic N-H Bond Insertion with Acceptor-Acceptor Carbene Donors.
J Am Chem Soc
; 144(6): 2590-2602, 2022 02 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35107997
8.
Data-driven supervised learning of a viral protease specificity landscape from deep sequencing and molecular simulations.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(1): 168-176, 2019 01 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30587591
9.
MHCEpitopeEnergy, a Flexible Rosetta-Based Biotherapeutic Deimmunization Platform.
J Chem Inf Model
; 61(5): 2368-2382, 2021 05 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33900750
10.
Enzyme stabilization via computationally guided protein stapling.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(47): 12472-12477, 2017 11 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29109284
11.
Structures of the peptide-modifying radical SAM enzyme SuiB elucidate the basis of substrate recognition.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(39): 10420-10425, 2017 09 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28893989
12.
Computational design of ligand-binding proteins with high affinity and selectivity.
Nature
; 501(7466): 212-216, 2013 Sep 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24005320
13.
A pH-dependent switch promotes ß-synuclein fibril formation via glutamate residues.
J Biol Chem
; 292(39): 16368-16379, 2017 09 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28710275
14.
A computational method for the design of nested proteins by loop-directed domain insertion.
Proteins
; 86(3): 354-369, 2018 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29250820
15.
Computational Design of a Photocontrolled Cytosine Deaminase.
J Am Chem Soc
; 140(1): 14-17, 2018 01 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29251923
16.
MFPred: Rapid and accurate prediction of protein-peptide recognition multispecificity using self-consistent mean field theory.
PLoS Comput Biol
; 13(6): e1005614, 2017 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28650961
17.
Structural principles for computational and de novo design of 4Fe-4S metalloproteins.
Biochim Biophys Acta
; 1857(5): 531-538, 2016 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26449207
18.
Design and Evolution of a Macrocyclic Peptide Inhibitor of the Sonic Hedgehog/Patched Interaction.
J Am Chem Soc
; 139(36): 12559-12568, 2017 09 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28759213
19.
Computation-Guided Design of a Stimulus-Responsive Multienzyme Supramolecular Assembly.
Chembiochem
; 18(20): 2000-2006, 2017 10 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28799209
20.
FireProt: Energy- and Evolution-Based Computational Design of Thermostable Multiple-Point Mutants.
PLoS Comput Biol
; 11(11): e1004556, 2015 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26529612