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1.
New-generation amber united-atom force field.
J Phys Chem B
; 110(26): 13166-76, 2006 Jul 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16805629
2.
Automatic atom type and bond type perception in molecular mechanical calculations.
J Mol Graph Model
; 25(2): 247-60, 2006 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16458552
3.
Hierarchical database screenings for HIV-1 reverse transcriptase using a pharmacophore model, rigid docking, solvation docking, and MM-PB/SA.
J Med Chem
; 48(7): 2432-44, 2005 Apr 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-15801834
4.
Simulating proteins at constant pH: An approach combining molecular dynamics and Monte Carlo simulation.
Proteins
; 47(4): 469-80, 2002 Jun 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-12001225
5.
Investigation of neuraminidase-substrate recognition using molecular dynamics and free energy calculations.
J Med Chem
; 46(26): 5628-37, 2003 Dec 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-14667217
6.
Molecular dynamics and free energy analyses of cathepsin D-inhibitor interactions: insight into structure-based ligand design.
J Med Chem
; 45(7): 1412-9, 2002 Mar 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-11906282
7.
Elucidating the Origin of Conformational Energy Differences in Substituted 1,3-Dioxanes: A Combined Theoretical and Experimental Study.
J Org Chem
; 61(11): 3662-3668, 1996 May 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-11667213
8.
Enhanced ab initio protein folding simulations in Poisson-Boltzmann molecular dynamics with self-guiding forces.
J Mol Graph Model
; 22(5): 415-24, 2004 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-15099837
9.
An all atom force field for simulations of proteins and nucleic acids.
J Comput Chem
; 7(2): 230-252, 1986 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29160584
10.
Chelate effect in cyclodextrin dimers: a computational (MD, MM/PBSA, and MM/GBSA) study.
J Org Chem
; 71(5): 2056-63, 2006 Mar 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16496993
11.
pKa, MM, and QM studies of mechanisms of beta-lactamases and penicillin-binding proteins: acylation step.
J Comput Chem
; 23(16): 1559-76, 2002 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-12395425
12.
Prediction of pKa shifts in proteins using a combination of molecular mechanical and continuum solvent calculations.
J Comput Chem
; 25(15): 1865-72, 2004 Nov 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-15376253
13.
Conformational preferences of substituted prolines in the collagen triple helix.
Biopolymers
; 64(2): 63-71, 2002 Jul 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-11979516
14.
Computational alanine scanning of the 1:1 human growth hormone-receptor complex.
J Comput Chem
; 23(1): 15-27, 2002 Jan 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-11913381
15.
Molecular dynamics simulation study of the negative correlation in antibody AZ28-catalyzed oxy-cope rearrangement.
J Am Chem Soc
; 124(42): 12535-42, 2002 Oct 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-12381197
16.
The intramolecular mechanism for the second proton transfer in triosephosphate isomerase (TIM): a QM/FE approach.
J Comput Chem
; 24(1): 46-56, 2003 Jan 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-12483674
17.
Free energy calculations for theophylline binding to an RNA aptamer: Comparison of MM-PBSA and thermodynamic integration methods.
Biopolymers
; 68(1): 16-34, 2003 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-12579577
18.
Development and testing of a general amber force field.
J Comput Chem
; 25(9): 1157-74, 2004 Jul 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-15116359
19.
Direct hydroxide attack is a plausible mechanism for amidase antibody 43C9.
J Comput Chem
; 24(12): 1371-7, 2003 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-12868101
20.
A classical and ab initio study of the interaction of the myosin triphosphate binding domain with ATP.
Biophys J
; 82(2): 660-75, 2002 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-11806909