Detalles de la búsqueda
1.
Learning single-cell chromatin accessibility profiles using meta-analytic marker genes.
Brief Bioinform
; 24(1)2023 01 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36549922
2.
EvoAug-TF: extending evolution-inspired data augmentations for genomic deep learning to TensorFlow.
Bioinformatics
; 40(3)2024 Mar 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38366935
3.
ZBED2 is an antagonist of interferon regulatory factor 1 and modifies cell identity in pancreatic cancer.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(21): 11471-11482, 2020 05 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32385160
4.
Global importance analysis: An interpretability method to quantify importance of genomic features in deep neural networks.
PLoS Comput Biol
; 17(5): e1008925, 2021 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33983921
5.
Representation learning of genomic sequence motifs with convolutional neural networks.
PLoS Comput Biol
; 15(12): e1007560, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31856220
6.
A demonstration of unsupervised machine learning in species delimitation.
Mol Phylogenet Evol
; 139: 106562, 2019 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31323334
7.
Improved Determination of Subnuclear Position Enabled by Three-Dimensional Membrane Reconstruction.
Biophys J
; 111(1): 19-24, 2016 Jul 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27410730
8.
Extracting Diffusive States of Rho GTPase in Live Cells: Towards In Vivo Biochemistry.
PLoS Comput Biol
; 11(10): e1004297, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26512894
9.
Interpreting Cis-Regulatory Interactions from Large-Scale Deep Neural Networks for Genomics.
bioRxiv
; 2024 Mar 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37461616
10.
Evaluating the representational power of pre-trained DNA language models for regulatory genomics.
bioRxiv
; 2024 Mar 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38464101
11.
EvoAug-TF: Extending evolution-inspired data augmentations for genomic deep learning to TensorFlow.
bioRxiv
; 2024 Jan 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38293144
12.
Interpreting cis-regulatory mechanisms from genomic deep neural networks using surrogate models.
bioRxiv
; 2024 Mar 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38013993
13.
Correcting gradient-based interpretations of deep neural networks for genomics.
Genome Biol
; 24(1): 109, 2023 05 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37161475
14.
Light and temperature regulate m6A-RNA modification to regulate growth in plants.
bioRxiv
; 2023 Jan 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36711495
15.
ResidualBind: Uncovering Sequence-Structure Preferences of RNA-Binding Proteins with Deep Neural Networks.
Methods Mol Biol
; 2586: 197-215, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36705906
16.
EvoAug: improving generalization and interpretability of genomic deep neural networks with evolution-inspired data augmentations.
Genome Biol
; 24(1): 105, 2023 05 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37143118
17.
ChampKit: A framework for rapid evaluation of deep neural networks for patch-based histopathology classification.
Comput Methods Programs Biomed
; 239: 107631, 2023 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37271050
18.
ETV6 dependency in Ewing sarcoma by antagonism of EWS-FLI1-mediated enhancer activation.
Nat Cell Biol
; 25(2): 298-308, 2023 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36658219
19.
Evaluating deep learning for predicting epigenomic profiles.
Nat Mach Intell
; 4(12): 1088-1100, 2022 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37324054
20.
Selecting deep neural networks that yield consistent attribution-based interpretations for genomics.
Proc Mach Learn Res
; 200: 131-149, 2022 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37205975