Detalles de la búsqueda
1.
Single-cell epigenomics reveals mechanisms of human cortical development.
Nature
; 598(7879): 205-213, 2021 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34616060
2.
Optimizing sequence design strategies for perturbation MPRAs: a computational evaluation framework.
Nucleic Acids Res
; 52(4): 1613-1627, 2024 Feb 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38296821
3.
Differential variability analysis of single-cell gene expression data.
Brief Bioinform
; 24(5)2023 09 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37598422
4.
Characterization of De Novo Promoter Variants in Autism Spectrum Disorder with Massively Parallel Reporter Assays.
Int J Mol Sci
; 24(4)2023 Feb 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36834916
5.
Meta-analysis of massively parallel reporter assays enables prediction of regulatory function across cell types.
Hum Mutat
; 40(9): 1299-1313, 2019 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31131957
6.
Integration of multiple epigenomic marks improves prediction of variant impact in saturation mutagenesis reporter assay.
Hum Mutat
; 40(9): 1280-1291, 2019 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31106481
7.
Predicting gene expression in massively parallel reporter assays: A comparative study.
Hum Mutat
; 38(9): 1240-1250, 2017 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28220625
8.
Co-regulated transcripts associated to cooperating eSNPs define Bi-fan motifs in human gene networks.
PLoS Genet
; 10(9): e1004587, 2014 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25210734
9.
NetCooperate: a network-based tool for inferring host-microbe and microbe-microbe cooperation.
BMC Bioinformatics
; 16: 164, 2015 May 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25980407
10.
Inference of modules associated to eQTLs.
Nucleic Acids Res
; 40(13): e98, 2012 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22447449
11.
Comprehensive network modeling approaches unravel dynamic enhancer-promoter interactions across neural differentiation.
bioRxiv
; 2024 May 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38826254
12.
NetCmpt: a network-based tool for calculating the metabolic competition between bacterial species.
Bioinformatics
; 28(16): 2195-7, 2012 Aug 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22668793
13.
Best practices for perturbation MPRA-a computational evaluation framework of sequence design strategies.
bioRxiv
; 2023 Sep 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37808807
14.
The large-scale organization of the bacterial network of ecological co-occurrence interactions.
Nucleic Acids Res
; 38(12): 3857-68, 2010 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20194113
15.
Massively parallel reporter perturbation assays uncover temporal regulatory architecture during neural differentiation.
Nat Commun
; 13(1): 1504, 2022 03 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35315433
16.
Decoupling Environment-Dependent and Independent Genetic Robustness across Bacterial Species.
PLoS Comput Biol
; 6(2): e1000690, 2010 Feb 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20195496
17.
The evolution of modularity in bacterial metabolic networks.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 105(19): 6976-81, 2008 May 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18460604
18.
Evaluation of Davis et al.: Exploring Sequence of Determinants of Transcriptional Regulation-The Case of c-AMP Response Element.
Cell Syst
; 11(1): 2-4, 2020 07 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32702318
19.
lentiMPRA and MPRAflow for high-throughput functional characterization of gene regulatory elements.
Nat Protoc
; 15(8): 2387-2412, 2020 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32641802
20.
Identification and Massively Parallel Characterization of Regulatory Elements Driving Neural Induction.
Cell Stem Cell
; 25(5): 713-727.e10, 2019 Nov 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31631012