Detalles de la búsqueda
1.
Pandemic-scale phylogenomics reveals the SARS-CoV-2 recombination landscape.
Nature
; 609(7929): 994-997, 2022 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35952714
2.
MAST: Phylogenetic Inference with Mixtures Across Sites and Trees.
Syst Biol
; 2024 Feb 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38421146
3.
Updated site concordance factors minimize effects of homoplasy and taxon sampling.
Bioinformatics
; 39(1)2023 01 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36383168
4.
DecentTree: scalable Neighbour-Joining for the genomic era.
Bioinformatics
; 39(9)2023 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37651445
5.
Online Phylogenetics with matOptimize Produces Equivalent Trees and is Dramatically More Efficient for Large SARS-CoV-2 Phylogenies than de novo and Maximum-Likelihood Implementations.
Syst Biol
; 72(5): 1039-1051, 2023 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37232476
6.
AliSim: A Fast and Versatile Phylogenetic Sequence Simulator for the Genomic Era.
Mol Biol Evol
; 39(5)2022 05 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35511713
7.
matOptimize: a parallel tree optimization method enables online phylogenetics for SARS-CoV-2.
Bioinformatics
; 38(15): 3734-3740, 2022 08 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35731204
8.
Assessing Confidence in Root Placement on Phylogenies: An Empirical Study Using Nonreversible Models for Mammals.
Syst Biol
; 71(4): 959-972, 2022 06 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34387349
9.
nQMaker: Estimating Time Nonreversible Amino Acid Substitution Models.
Syst Biol
; 71(5): 1110-1123, 2022 08 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35139203
10.
Primate phylogenomics uncovers multiple rapid radiations and ancient interspecific introgression.
PLoS Biol
; 18(12): e3000954, 2020 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33270638
11.
Stability of SARS-CoV-2 phylogenies.
PLoS Genet
; 16(11): e1009175, 2020 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33206635
12.
QMaker: Fast and Accurate Method to Estimate Empirical Models of Protein Evolution.
Syst Biol
; 70(5): 1046-1060, 2021 08 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33616668
13.
New Methods to Calculate Concordance Factors for Phylogenomic Datasets.
Mol Biol Evol
; 37(9): 2727-2733, 2020 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32365179
14.
IQ-TREE 2: New Models and Efficient Methods for Phylogenetic Inference in the Genomic Era.
Mol Biol Evol
; 37(5): 1530-1534, 2020 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32011700
15.
Linking Branch Lengths across Sets of Loci Provides the Highest Statistical Support for Phylogenetic Inference.
Mol Biol Evol
; 37(4): 1202-1210, 2020 04 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31825512
16.
Do plants have a segregated germline?
PLoS Biol
; 16(5): e2005439, 2018 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29768400
17.
A phylogenomic approach reveals a low somatic mutation rate in a long-lived plant.
Proc Biol Sci
; 287(1922): 20192364, 2020 03 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32156194
18.
Estimating Improved Partitioning Schemes for Ultraconserved Elements.
Mol Biol Evol
; 35(7): 1798-1811, 2018 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29659989
19.
Assembly of chloroplast genomes with long- and short-read data: a comparison of approaches using Eucalyptus pauciflora as a test case.
BMC Genomics
; 19(1): 977, 2018 Dec 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30594129
20.
RWTY (R We There Yet): An R Package for Examining Convergence of Bayesian Phylogenetic Analyses.
Mol Biol Evol
; 34(4): 1016-1020, 2017 04 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28087773