Detalles de la búsqueda
1.
Structure and Dynamics of a 197 bp Nucleosome in Complex with Linker Histone H1.
Mol Cell
; 66(3): 384-397.e8, 2017 May 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28475873
2.
Multiple protein-DNA interfaces unravelled by evolutionary information, physico-chemical and geometrical properties.
PLoS Comput Biol
; 16(2): e1007624, 2020 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32012150
3.
The static and dynamic structural heterogeneities of B-DNA: extending Calladine-Dickerson rules.
Nucleic Acids Res
; 47(21): 11090-11102, 2019 12 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31624840
4.
Structure and Dynamics of a 197 bp Nucleosome in Complex with Linker Histone H1.
Mol Cell
; 66(5): 729, 2017 06 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28575663
5.
Sequence-dependent response of DNA to torsional stress: a potential biological regulation mechanism.
Nucleic Acids Res
; 46(4): 1684-1694, 2018 02 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29267977
6.
Decomposing protein-DNA binding and recognition using simplified protein models.
Nucleic Acids Res
; 45(17): 10270-10283, 2017 Sep 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28973439
7.
Analyzing DNA curvature and its impact on the ionic environment: application to molecular dynamics simulations of minicircles.
Nucleic Acids Res
; 45(7): 4269-4277, 2017 04 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28180333
8.
Structure and dynamics of DNA loops on nucleosomes studied with atomistic, microsecond-scale molecular dynamics.
Nucleic Acids Res
; 44(11): 5450-6, 2016 06 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27098037
9.
Dynamics and recognition within a protein-DNA complex: a molecular dynamics study of the SKN-1/DNA interaction.
Nucleic Acids Res
; 44(3): 1440-8, 2016 Feb 18.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26721385
10.
Protein-DNA interfaces: a molecular dynamics analysis of time-dependent recognition processes for three transcription factors.
Nucleic Acids Res
; 44(20): 9990-10002, 2016 Nov 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27658967
11.
DNA minicircles clarify the specific role of DNA structure on retroviral integration.
Nucleic Acids Res
; 44(16): 7830-47, 2016 09 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27439712
12.
Long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer.
Nucleic Acids Res
; 44(9): 4052-66, 2016 05 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27084952
13.
Analyzing ion distributions around DNA: sequence-dependence of potassium ion distributions from microsecond molecular dynamics.
Nucleic Acids Res
; 43(4): 2412-23, 2015 Feb 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25662221
14.
Analyzing ion distributions around DNA.
Nucleic Acids Res
; 42(12): 8138-49, 2014 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24906882
15.
Unraveling the sequence-dependent polymorphic behavior of d(CpG) steps in B-DNA.
Nucleic Acids Res
; 42(18): 11304-20, 2014 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25223784
16.
µABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA.
Nucleic Acids Res
; 42(19): 12272-83, 2014 Oct 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25260586
17.
Exploring polymorphisms in B-DNA helical conformations.
Nucleic Acids Res
; 40(21): 10668-78, 2012 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23012264
18.
Temperature dependence of the DNA double helix at the nanoscale: structure, elasticity, and fluctuations.
Biophys J
; 105(8): 1904-14, 2013 Oct 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24138866
19.
CURVES+ web server for analyzing and visualizing the helical, backbone and groove parameters of nucleic acid structures.
Nucleic Acids Res
; 39(Web Server issue): W68-73, 2011 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21558323
20.
Multistep drug intercalation: molecular dynamics and free energy studies of the binding of daunomycin to DNA.
J Am Chem Soc
; 134(20): 8588-96, 2012 May 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22548344