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1.
Comparative Analysis of Sulfonium-π, Ammonium-π, and Sulfur-π Interactions and Relevance to SAM-Dependent Methyltransferases.
J Am Chem Soc
; 144(6): 2535-2545, 2022 02 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35108000
2.
Better together: Elements of successful scientific software development in a distributed collaborative community.
PLoS Comput Biol
; 16(5): e1007507, 2020 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32365137
3.
Foldit Standalone: a video game-derived protein structure manipulation interface using Rosetta.
Bioinformatics
; 33(17): 2765-2767, 2017 Sep 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28481970
4.
A cyber-linked undergraduate research experience in computational biomolecular structure prediction and design.
PLoS Comput Biol
; 13(12): e1005837, 2017 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29216185
5.
SwiftLib: rapid degenerate-codon-library optimization through dynamic programming.
Nucleic Acids Res
; 43(5): e34, 2015 Mar 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25539925
6.
Predicting protein structures with a multiplayer online game.
Nature
; 466(7307): 756-60, 2010 Aug 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20686574
7.
Computational protein design with explicit consideration of surface hydrophobic patches.
Proteins
; 80(3): 825-38, 2012 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22223219
8.
Stabilizing proteins, simplified: A Rosetta-based webtool for predicting favorable mutations.
Protein Sci
; 31(10): e4428, 2022 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36173174
9.
Role of conformational sampling in computing mutation-induced changes in protein structure and stability.
Proteins
; 79(3): 830-8, 2011 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21287615
10.
Structure-guided forcefield optimization.
Proteins
; 79(6): 1898-909, 2011 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21488100
11.
PyRosetta Jupyter Notebooks Teach Biomolecular Structure Prediction and Design.
Biophysicist (Rockv)
; 2(1): 108-122, 2021 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35128343
12.
Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks.
Nat Commun
; 12(1): 6947, 2021 11 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34845212
13.
MolProbity: all-atom contacts and structure validation for proteins and nucleic acids.
Nucleic Acids Res
; 35(Web Server issue): W375-83, 2007 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17452350
14.
Correction to "The Rosetta All-Atom Energy Function for Macromolecular Modeling and Design".
J Chem Theory Comput
; 18(7): 4594, 2022 Jul 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35667008
15.
The Rosetta All-Atom Energy Function for Macromolecular Modeling and Design.
J Chem Theory Comput
; 13(6): 3031-3048, 2017 Jun 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28430426
16.
Computationally Designed Bispecific Antibodies using Negative State Repertoires.
Structure
; 24(4): 641-651, 2016 Apr 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26996964
17.
Combined covalent-electrostatic model of hydrogen bonding improves structure prediction with Rosetta.
J Chem Theory Comput
; 11(2): 609-22, 2015 Feb 10.
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| MEDLINE | ID: mdl-25866491
18.
Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface.
Nat Biotechnol
; 32(2): 191-8, 2014 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24463572
19.
Scientific benchmarks for guiding macromolecular energy function improvement.
Methods Enzymol
; 523: 109-43, 2013.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23422428
20.
Adding diverse noncanonical backbones to rosetta: enabling peptidomimetic design.
PLoS One
; 8(7): e67051, 2013.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23869206