Detalles de la búsqueda
1.
A mutation-level covariate model for mutational signatures.
PLoS Comput Biol
; 19(6): e1011195, 2023 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37276234
2.
A data-driven approach for constructing mutation categories for mutational signature analysis.
PLoS Comput Biol
; 17(10): e1009542, 2021 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34665813
3.
Matrix (factorization) reloaded: flexible methods for imputing genetic interactions with cross-species and side information.
Bioinformatics
; 36(Suppl_2): i866-i874, 2020 12 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33381837
4.
Functional protein representations from biological networks enable diverse cross-species inference.
Nucleic Acids Res
; 47(9): e51, 2019 05 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30847485
5.
Criticality in tumor evolution and clinical outcome.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(47): E11101-E11110, 2018 11 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30404913
6.
Modeling clinical and molecular covariates of mutational process activity in cancer.
Bioinformatics
; 35(14): i492-i500, 2019 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31510643
7.
Comprehensive Molecular Characterization of Papillary Renal-Cell Carcinoma.
N Engl J Med
; 374(2): 135-45, 2016 Jan 14.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26536169
8.
Hierarchical HotNet: identifying hierarchies of altered subnetworks.
Bioinformatics
; 34(17): i972-i980, 2018 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30423088
9.
Mutational landscape and significance across 12 major cancer types.
Nature
; 502(7471): 333-339, 2013 Oct 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24132290
10.
A weighted exact test for mutually exclusive mutations in cancer.
Bioinformatics
; 32(17): i736-i745, 2016 09 01.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27587696
11.
Simultaneous identification of multiple driver pathways in cancer.
PLoS Comput Biol
; 9(5): e1003054, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23717195
12.
Genecentric: a package to uncover graph-theoretic structure in high-throughput epistasis data.
BMC Bioinformatics
; 14: 23, 2013 Jan 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23331614
13.
MAGI: visualization and collaborative annotation of genomic aberrations.
Nat Methods
; 12(6): 483-4, 2015 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26020500
14.
A Biterm Topic Model for Sparse Mutation Data.
Cancers (Basel)
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36900390
15.
ScalpelSig Designs Targeted Genomic Panels from Data to Detect Activity of Mutational Signatures.
J Comput Biol
; 29(1): 56-73, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34986026
16.
SuperDendrix algorithm integrates genetic dependencies and genomic alterations across pathways and cancer types.
Cell Genom
; 2(2)2022 Feb 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35382456
17.
A mixture model for signature discovery from sparse mutation data.
Genome Med
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34724984
18.
Mutational Signatures: From Methods to Mechanisms.
Annu Rev Biomed Data Sci
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34465178
19.
A systematic genome-wide mapping of oncogenic mutation selection during CRISPR-Cas9 genome editing.
Nat Commun
; 12(1): 6512, 2021 11 11.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34764240
20.
PhySigs: Phylogenetic Inference of Mutational Signature Dynamics.
Pac Symp Biocomput
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31797599