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1.
Kinetic coevolutionary models predict the temporal emergence of HIV-1 resistance mutations under drug selection pressure.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(15): e2316662121, 2024 Apr 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38557187
2.
Unique features of different classes of G-protein-coupled receptors revealed from sequence coevolutionary and structural analysis.
Proteins
; 90(2): 601-614, 2022 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34599827
3.
Mi3-GPU: MCMC-based Inverse Ising Inference on GPUs for protein covariation analysis.
Comput Phys Commun
; 2602021 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33716309
4.
Absolute Protein Binding Free Energy Simulations for Ligands with Multiple Poses, a Thermodynamic Path That Avoids Exhaustive Enumeration of the Poses.
J Comput Chem
; 41(1): 56-68, 2020 01 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31621932
5.
Massive-Scale Binding Free Energy Simulations of HIV Integrase Complexes Using Asynchronous Replica Exchange Framework Implemented on the IBM WCG Distributed Network.
J Chem Inf Model
; 59(4): 1382-1397, 2019 04 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30758197
6.
Coevolutionary Landscape of Kinase Family Proteins: Sequence Probabilities and Functional Motifs.
Biophys J
; 114(1): 21-31, 2018 01 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29320688
7.
Inference of Epistatic Effects Leading to Entrenchment and Drug Resistance in HIV-1 Protease.
Mol Biol Evol
; 34(6): 1291-1306, 2017 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28369521
8.
Improving Prediction Accuracy of Binding Free Energies and Poses of HIV Integrase Complexes Using the Binding Energy Distribution Analysis Method with Flattening Potentials.
J Chem Inf Model
; 58(7): 1356-1371, 2018 07 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29927237
9.
Insights into the energy landscapes of chromosome organization proteins from coevolutionary sequence variation and structural modeling.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(5): 2241-2242, 2020 02 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31924744
10.
A New Class of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors Identified by Crystallographic Fragment Screening of the Catalytic Core Domain.
J Biol Chem
; 291(45): 23569-23577, 2016 Nov 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27645997
11.
Computing conformational free energy differences in explicit solvent: An efficient thermodynamic cycle using an auxiliary potential and a free energy functional constructed from the end points.
J Comput Chem
; 38(15): 1198-1208, 2017 06 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28008630
12.
A combined treatment of hydration and dynamical effects for the modeling of host-guest binding thermodynamics: the SAMPL5 blinded challenge.
J Comput Aided Mol Des
; 31(1): 29-44, 2017 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27696239
13.
Parameterization of an effective potential for protein-ligand binding from host-guest affinity data.
J Mol Recognit
; 29(1): 10-21, 2016 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26256816
14.
Deep sequencing of protease inhibitor resistant HIV patient isolates reveals patterns of correlated mutations in Gag and protease.
PLoS Comput Biol
; 11(4): e1004249, 2015 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25894830
15.
Large scale free energy calculations for blind predictions of protein-ligand binding: the D3R Grand Challenge 2015.
J Comput Aided Mol Des
; 30(9): 743-751, 2016 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27562018
16.
Locally weighted histogram analysis and stochastic solution for large-scale multi-state free energy estimation.
J Chem Phys
; 144(3): 034107, 2016 Jan 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26801020
17.
Large-scale asynchronous and distributed multidimensional replica exchange molecular simulations and efficiency analysis.
J Comput Chem
; 36(23): 1772-85, 2015 Sep 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26149645
18.
First Passage Times, Lifetimes, and Relaxation Times of Unfolded Proteins.
Phys Rev Lett
; 115(4): 048101, 2015 Jul 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26252709
19.
BEDAM binding free energy predictions for the SAMPL4 octa-acid host challenge.
J Comput Aided Mol Des
; 29(4): 315-25, 2015 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25726024
20.
Asynchronous Replica Exchange Software for Grid and Heterogeneous Computing.
Comput Phys Commun
; 196: 236-246, 2015 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27103749