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1.
Ab Initio Prediction of 3-D Conformations for Protein Long Loops with High Accuracy and Applications to Antibody CDRH3 Modeling.
J Chem Inf Model
; 63(23): 7568-7577, 2023 Dec 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38018130
2.
De novo protein design by an energy function based on series expansion in distance and orientation dependence.
Bioinformatics
; 38(1): 86-93, 2021 12 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34406339
3.
Kotai Antibody Builder: automated high-resolution structural modeling of antibodies.
Bioinformatics
; 30(22): 3279-80, 2014 Nov 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25064566
4.
High-resolution modeling of antibody structures by a combination of bioinformatics, expert knowledge, and molecular simulations.
Proteins
; 82(8): 1624-35, 2014 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24756852
5.
LEAP: highly accurate prediction of protein loop conformations by integrating coarse-grained sampling and optimized energy scores with all-atom refinement of backbone and side chains.
J Comput Chem
; 35(4): 335-41, 2014 Feb 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24327406
6.
Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions.
Proteins
; 81(11): 1980-7, 2013 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23843247
7.
PITHA: A Webtool to Predict Immunogenicity for Humanized and Fully Human Therapeutic Antibodies.
Methods Mol Biol
; 2552: 143-150, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36346590
8.
B-Cell Epitope Predictions Using Computational Methods.
Methods Mol Biol
; 2552: 239-254, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36346595
9.
Fast and accurate prediction of protein side-chain conformations.
Bioinformatics
; 27(20): 2913-4, 2011 Oct 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21873640
10.
Protein loop selection using orientation-dependent force fields derived by parameter optimization.
Proteins
; 79(7): 2260-7, 2011 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21574188
11.
Protein side chain modeling with orientation-dependent atomic force fields derived by series expansions.
J Comput Chem
; 32(8): 1680-6, 2011 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21374632
12.
EPSVR and EPMeta: prediction of antigenic epitopes using support vector regression and multiple server results.
BMC Bioinformatics
; 11: 381, 2010 Jul 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20637083
13.
Prediction of immunogenicity for humanized and full human therapeutic antibodies.
PLoS One
; 15(8): e0238150, 2020.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32866159
14.
EPCES and EPSVR: Prediction of B-Cell Antigenic Epitopes on Protein Surfaces with Conformational Information.
Methods Mol Biol
; 2131: 289-297, 2020.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32162262
15.
SVMTriP: A Method to Predict B-Cell Linear Antigenic Epitopes.
Methods Mol Biol
; 2131: 299-307, 2020.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32162263
16.
Prediction of antigenic epitopes on protein surfaces by consensus scoring.
BMC Bioinformatics
; 10: 302, 2009 Sep 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19772615
17.
Exploring the molecular design of protein interaction sites with molecular dynamics simulations and free energy calculations.
Biochemistry
; 48(2): 399-414, 2009 Jan 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19113835
18.
Refining near-native protein-protein docking decoys by local resampling and energy minimization.
Proteins
; 76(2): 309-16, 2009 Aug 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19156819
19.
Consensus scoring for enriching near-native structures from protein-protein docking decoys.
Proteins
; 75(2): 397-403, 2009 May 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18831053
20.
Protein binding site prediction using an empirical scoring function.
Nucleic Acids Res
; 34(13): 3698-707, 2006.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16893954