Detalles de la búsqueda
1.
Metabolite-Enzyme Coevolution: From Single Enzymes to Metabolic Pathways and Networks.
Annu Rev Biochem
; 87: 187-216, 2018 06 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29925259
2.
Mathematical properties of optimal fluxes in cellular reaction networks at balanced growth.
PLoS Comput Biol
; 19(6): e1011156, 2023 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37279246
3.
BioSimulators: a central registry of simulation engines and services for recommending specific tools.
Nucleic Acids Res
; 50(W1): W108-W114, 2022 07 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35524558
4.
SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models.
Mol Syst Biol
; 16(8): e9110, 2020 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32845085
5.
Notions of similarity for systems biology models.
Brief Bioinform
; 19(1): 77-88, 2018 01 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27742665
6.
Parameter balancing: consistent parameter sets for kinetic metabolic models.
Bioinformatics
; 35(19): 3857-3858, 2019 10 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30793200
7.
Automated generation of bacterial resource allocation models.
Metab Eng
; 55: 12-22, 2019 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31189086
8.
Metabolic enzyme cost explains variable trade-offs between microbial growth rate and yield.
PLoS Comput Biol
; 14(2): e1006010, 2018 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29451895
9.
Global characterization of in vivo enzyme catalytic rates and their correspondence to in vitro kcat measurements.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(12): 3401-6, 2016 Mar 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26951675
10.
SBtab: a flexible table format for data exchange in systems biology.
Bioinformatics
; 32(16): 2559-61, 2016 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27153616
11.
The Protein Cost of Metabolic Fluxes: Prediction from Enzymatic Rate Laws and Cost Minimization.
PLoS Comput Biol
; 12(11): e1005167, 2016 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27812109
12.
Visual account of protein investment in cellular functions.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 111(23): 8488-93, 2014 Jun 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24889604
13.
Glycolytic strategy as a tradeoff between energy yield and protein cost.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 110(24): 10039-44, 2013 Jun 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23630264
14.
Pathway thermodynamics highlights kinetic obstacles in central metabolism.
PLoS Comput Biol
; 10(2): e1003483, 2014 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24586134
15.
Spanning high-dimensional expression space using ribosome-binding site combinatorics.
Nucleic Acids Res
; 41(9): e98, 2013 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23470993
16.
Notions of similarity for systems biology models.
Brief Bioinform
; 18(5): 902, 2017 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28096074
17.
Optimal enzyme profiles in unbranched metabolic pathways.
Interface Focus
; 14(1): 20230029, 2024 Feb 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38344407
18.
A neural-mechanistic hybrid approach improving the predictive power of genome-scale metabolic models.
Nat Commun
; 14(1): 4669, 2023 08 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37537192
19.
RBAtools: a programming interface for Resource Balance Analysis models.
Bioinform Adv
; 3(1): vbad056, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37179703
20.
Fibration symmetry uncovers minimal regulatory networks for logical computation in bacteria.
ArXiv
; 2023 Oct 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37904746