Detalles de la búsqueda
1.
UNRES-GPU for physics-based coarse-grained simulations of protein systems at biological time- and size-scales.
Bioinformatics
; 39(6)2023 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37338530
2.
Assessment of Two Restraint Potentials for Coarse-Grained Chemical-Cross-Link-Assisted Modeling of Protein Structures.
J Chem Inf Model
; 64(4): 1377-1393, 2024 Feb 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38345917
3.
Long-time scale simulations of virus-like particles from three human-norovirus strains.
J Comput Chem
; 44(16): 1470-1483, 2023 06 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36799410
4.
Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse-grained simulations to treat large proteins.
J Comput Chem
; 44(4): 602-625, 2023 02 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36378078
5.
Ligand binding of interleukin-8: a comparison of glycosaminoglycans and acidic peptides.
Phys Chem Chem Phys
; 25(36): 24930-24947, 2023 Sep 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37694394
6.
A coarse-grained approach to NMR-data-assisted modeling of protein structures.
J Comput Chem
; 43(31): 2047-2059, 2022 12 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36134668
7.
UNRES-Dock-protein-protein and peptide-protein docking by coarse-grained replica-exchange MD simulations.
Bioinformatics
; 37(11): 1613-1615, 2021 07 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33079977
8.
Theoretical Investigation of the Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) Infection Mechanism and Selectivity.
Molecules
; 27(7)2022 Mar 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35408482
9.
Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14-CAPRI experiment.
Proteins
; 89(12): 1800-1823, 2021 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34453465
10.
ESCASA: Analytical estimation of atomic coordinates from coarse-grained geometry for nuclear-magnetic-resonance-assisted protein structure modeling. I. Backbone and Hß protons.
J Comput Chem
; 42(22): 1579-1589, 2021 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34048074
11.
Pseudopotentials for coarse-grained cross-link-assisted modeling of protein structures.
J Comput Chem
; 42(29): 2054-2067, 2021 11 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34402552
12.
Opinion: Protein folds vs. protein folding: Differing questions, different challenges.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(1): e2214423119, 2023 01 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36580595
13.
Improved Consensus-Fragment Selection in Template-Assisted Prediction of Protein Structures with the UNRES Force Field in CASP13.
J Chem Inf Model
; 60(3): 1844-1864, 2020 03 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31999919
14.
Hydrophobic hydration and pairwise hydrophobic interaction of Lennard-Jones and Mie particles in different water models.
Phys Chem Chem Phys
; 22(8): 4758-4771, 2020 Feb 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32064469
15.
Extension of the force-matching method to coarse-grained models with axially symmetric sites to produce transferable force fields: Application to the UNRES model of proteins.
J Chem Phys
; 152(5): 054902, 2020 Feb 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32035448
16.
UNRES server for physics-based coarse-grained simulations and prediction of protein structure, dynamics and thermodynamics.
Nucleic Acids Res
; 46(W1): W304-W309, 2018 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29718313
17.
Assessment of chemical-crosslink-assisted protein structure modeling in CASP13.
Proteins
; 87(12): 1283-1297, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31569265
18.
Blind prediction of homo- and hetero-protein complexes: The CASP13-CAPRI experiment.
Proteins
; 87(12): 1200-1221, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31612567
19.
Introduction of a bounded penalty function in contact-assisted simulations of protein structures to omit false restraints.
J Comput Chem
; 40(25): 2164-2178, 2019 09 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31037754
20.
Local and long range potentials for heparin-protein systems for coarse-grained simulations.
Biopolymers
; 110(8): e23269, 2019 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30866039