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1.
Clair3-trio: high-performance Nanopore long-read variant calling in family trios with trio-to-trio deep neural networks.
Brief Bioinform
; 23(5)2022 09 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35849103
2.
Adverse clinical outcomes and immunosuppressive microenvironment of RHO-GTPase activation pattern in hepatocellular carcinoma.
J Transl Med
; 22(1): 122, 2024 Jan 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38297333
3.
Boosting variant-calling performance with multi-platform sequencing data using Clair3-MP.
BMC Bioinformatics
; 24(1): 308, 2023 Aug 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37537536
4.
Long-Read Sequencing with Hierarchical Clustering for Antiretroviral Resistance Profiling of Mixed Human Immunodeficiency Virus Quasispecies.
Clin Chem
; 69(10): 1174-1185, 2023 10 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37537871
5.
Duet: SNP-assisted structural variant calling and phasing using Oxford nanopore sequencing.
BMC Bioinformatics
; 23(1): 465, 2022 Nov 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36344913
6.
Distinct Disease Severity Between Children and Older Adults With Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Impacts of ACE2 Expression, Distribution, and Lung Progenitor Cells.
Clin Infect Dis
; 73(11): e4154-e4165, 2021 12 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33388749
7.
SARS-CoV-2 biology and variants: anticipation of viral evolution and what needs to be done.
Environ Microbiol
; 23(5): 2339-2363, 2021 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33769683
8.
MegaPath: sensitive and rapid pathogen detection using metagenomic NGS data.
BMC Genomics
; 21(Suppl 6): 500, 2020 Dec 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33349238
9.
AC-DIAMOND v1: accelerating large-scale DNA-protein alignment.
Bioinformatics
; 34(21): 3744-3746, 2018 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29771282
10.
Genome-Wide Mapping of Structural Variations Reveals a Copy Number Variant That Determines Reproductive Morphology in Cucumber.
Plant Cell
; 27(6): 1595-604, 2015 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26002866
11.
The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation.
Nature
; 490(7418): 49-54, 2012 Oct 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22992520
12.
MegaGTA: a sensitive and accurate metagenomic gene-targeted assembler using iterative de Bruijn graphs.
BMC Bioinformatics
; 18(Suppl 12): 408, 2017 Oct 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29072142
13.
MEGAHIT v1.0: A fast and scalable metagenome assembler driven by advanced methodologies and community practices.
Methods
; 102: 3-11, 2016 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27012178
14.
Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing.
Nature
; 470(7332): 59-65, 2011 Feb 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21293372
15.
BASE: a practical de novo assembler for large genomes using long NGS reads.
BMC Genomics
; 17 Suppl 5: 499, 2016 08 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27586129
16.
MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph.
Bioinformatics
; 31(10): 1674-6, 2015 May 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25609793
17.
database.bio: a web application for interpreting human variations.
Bioinformatics
; 31(24): 4035-7, 2015 Dec 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26315902
18.
MICA: A fast short-read aligner that takes full advantage of Many Integrated Core Architecture (MIC).
BMC Bioinformatics
; 16 Suppl 7: S10, 2015.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25952019
19.
FaSD-somatic: a fast and accurate somatic SNV detection algorithm for cancer genome sequencing data.
Bioinformatics
; 30(17): 2498-500, 2014 Sep 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24833803
20.
SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads.
Bioinformatics
; 30(12): 1660-6, 2014 Jun 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24532719