Detalles de la búsqueda
1.
Predicting ion mobility collision cross sections using projection approximation with ROSIE-PARCS webserver.
Brief Bioinform
; 24(5)2023 09 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37609950
2.
Combining machine learning with structure-based protein design to predict and engineer post-translational modifications of proteins.
PLoS Comput Biol
; 20(3): e1011939, 2024 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38484014
3.
Better together: Elements of successful scientific software development in a distributed collaborative community.
PLoS Comput Biol
; 16(5): e1007507, 2020 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32365137
4.
Discovery of peptide ligands through docking and virtual screening at nicotinic acetylcholine receptor homology models.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(38): E8100-E8109, 2017 09 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28874590
5.
Peptiderive server: derive peptide inhibitors from protein-protein interactions.
Nucleic Acids Res
; 44(W1): W536-41, 2016 07 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27141963
6.
Computing structure-based lipid accessibility of membrane proteins with mp_lipid_acc in RosettaMP.
BMC Bioinformatics
; 18(1): 115, 2017 Feb 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28219343
7.
Reliable protein-protein docking with AlphaFold, Rosetta, and replica-exchange.
bioRxiv
; 2023 Nov 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37546760
8.
Stabilizing proteins, simplified: A Rosetta-based webtool for predicting favorable mutations.
Protein Sci
; 31(10): e4428, 2022 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36173174
9.
PyRosetta: a script-based interface for implementing molecular modeling algorithms using Rosetta.
Bioinformatics
; 26(5): 689-91, 2010 Mar 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20061306
10.
PyRosetta Jupyter Notebooks Teach Biomolecular Structure Prediction and Design.
Biophysicist (Rockv)
; 2(1): 108-122, 2021 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35128343
11.
Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks.
Nat Commun
; 12(1): 6947, 2021 11 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34845212
12.
The RosettaDock server for local protein-protein docking.
Nucleic Acids Res
; 36(Web Server issue): W233-8, 2008 Jul 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18442991
13.
Web-accessible molecular modeling with Rosetta: The Rosetta Online Server that Includes Everyone (ROSIE).
Protein Sci
; 27(1): 259-268, 2018 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28960691
14.
Modeling and docking of antibody structures with Rosetta.
Nat Protoc
; 12(2): 401-416, 2017 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28125104
15.
Improved prediction of antibody VL-VH orientation.
Protein Eng Des Sel
; 29(10): 409-418, 2016 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27276984
16.
DARC 2.0: Improved Docking and Virtual Screening at Protein Interaction Sites.
PLoS One
; 10(7): e0131612, 2015.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26181386
17.
Alternative computational protocols for supercharging protein surfaces for reversible unfolding and retention of stability.
PLoS One
; 8(5): e64363, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23741319
18.
Serverification of molecular modeling applications: the Rosetta Online Server that Includes Everyone (ROSIE).
PLoS One
; 8(5): e63906, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23717507
19.
Scientific benchmarks for guiding macromolecular energy function improvement.
Methods Enzymol
; 523: 109-43, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23422428
20.
Adding diverse noncanonical backbones to rosetta: enabling peptidomimetic design.
PLoS One
; 8(7): e67051, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23869206