Detalles de la búsqueda
1.
Chaining for accurate alignment of erroneous long reads to acyclic variation graphs.
Bioinformatics
; 39(8)2023 08 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37494467
2.
Accurate spliced alignment of long RNA sequencing reads.
Bioinformatics
; 37(24): 4643-4651, 2021 12 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34302453
3.
Founder reconstruction enables scalable and seamless pangenomic analysis.
Bioinformatics
; 37(24): 4611-4619, 2021 12 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34260702
4.
Evaluating approaches to find exon chains based on long reads.
Brief Bioinform
; 19(3): 404-414, 2018 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28069635
5.
Bit-parallel sequence-to-graph alignment.
Bioinformatics
; 35(19): 3599-3607, 2019 10 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30851095
6.
MIPUP: minimum perfect unmixed phylogenies for multi-sampled tumors via branchings and ILP.
Bioinformatics
; 35(5): 769-777, 2019 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30101335
7.
Towards pan-genome read alignment to improve variation calling.
BMC Genomics
; 19(Suppl 2): 87, 2018 May 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29764365
8.
A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples.
BMC Bioinformatics
; 18(Suppl 3): 59, 2017 Mar 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28361710
9.
SNV-PPILP: refined SNV calling for tumor data using perfect phylogenies and ILP.
Bioinformatics
; 31(7): 1133-5, 2015 Apr 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25398608
10.
Repeat- and error-aware comparison of deletions.
Bioinformatics
; 31(18): 2947-54, 2015 Sep 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25979471
11.
On the complexity of Minimum Path Cover with Subpath Constraints for multi-assembly.
BMC Bioinformatics
; 15 Suppl 9: S5, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25252805
12.
Recombination-aware alignment of diploid individuals.
BMC Genomics
; 15 Suppl 6: S15, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25572943
13.
Tackling reference bias in genotyping by using founder sequences with PanVC 3.
Bioinform Adv
; 4(1): vbae027, 2024.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38464975
14.
Finding maximal exact matches in graphs.
Algorithms Mol Biol
; 19(1): 10, 2024 Mar 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38468275
15.
Haploid to diploid alignment for variation calling assessment.
BMC Bioinformatics
; 14 Suppl 15: S13, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24564537
16.
A novel min-cost flow method for estimating transcript expression with RNA-Seq.
BMC Bioinformatics
; 14 Suppl 5: S15, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23734627
17.
Normalized N50 assembly metric using gap-restricted co-linear chaining.
BMC Bioinformatics
; 13: 255, 2012 Oct 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23031320
18.
Fast scaffolding with small independent mixed integer programs.
Bioinformatics
; 27(23): 3259-65, 2011 Dec 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21998153
19.
Distributed hybrid-indexing of compressed pan-genomes for scalable and fast sequence alignment.
PLoS One
; 16(8): e0255260, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34343181
20.
Bacterial genomic epidemiology with mixed samples.
Microb Genom
; 7(11)2021 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34779765