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1.
Development and test of highly accurate endpoint free energy methods. 2: Prediction of logarithm of n-octanol-water partition coefficient (logP) for druglike molecules using MM-PBSA method.
J Comput Chem
; 44(13): 1300-1311, 2023 May 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36820817
2.
Machine learning on ligand-residue interaction profiles to significantly improve binding affinity prediction.
Brief Bioinform
; 22(5)2021 09 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33758923
3.
In silico binding profile characterization of SARS-CoV-2 spike protein and its mutants bound to human ACE2 receptor.
Brief Bioinform
; 22(6)2021 11 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34013346
4.
Phosphorylation at Ser289 Enhances the Oligomerization of Tau Repeat R2.
J Chem Inf Model
; 63(4): 1351-1361, 2023 02 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36786552
5.
Stable Cavitation Interferes with Aß16-22 Oligomerization.
J Chem Inf Model
; 62(16): 3885-3895, 2022 08 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35920625
6.
Elastic moduli of normal and cancer cell membranes revealed by molecular dynamics simulations.
Phys Chem Chem Phys
; 24(10): 6225-6237, 2022 Mar 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35229839
7.
A multiple-step in silico screening protocol to identify allosteric inhibitors of Spike-hACE2 binding.
Phys Chem Chem Phys
; 24(7): 4305-4316, 2022 Feb 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35107459
8.
Molecular dynamics simulation of cancer cell membrane perforated by shockwave induced bubble collapse.
J Chem Phys
; 157(22): 225102, 2022 Dec 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36546791
9.
Molecular Mechanism of Ultrasound-Induced Structural Defects in Liposomes: A Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulation Study.
Langmuir
; 37(26): 7945-7954, 2021 07 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34161100
10.
Molecular mechanism of ultrasound interaction with a blood brain barrier model.
J Chem Phys
; 153(4): 045104, 2020 Jul 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32752695
11.
E-motif formed by extrahelical cytosine bases in DNA homoduplexes of trinucleotide and hexanucleotide repeats.
Nucleic Acids Res
; 46(2): 942-955, 2018 01 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29190385
12.
New application of in silico methods in identifying mechanisms of action and key components of anti-cancer herbal formulation YIV-906 (PHY906).
Phys Chem Chem Phys
; 21(42): 23501-23513, 2019 Nov 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31617551
13.
Nonequilibrium atomistic molecular dynamics simulation of tubular nanomotor propelled by bubble propulsion.
J Chem Phys
; 151(2): 024103, 2019 Jul 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31301696
14.
Interaction mechanism between the focused ultrasound and lipid membrane at the molecular level.
J Chem Phys
; 150(21): 215101, 2019 Jun 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31176320
15.
Structure and Dynamics of DNA and RNA Double Helices of CAG and GAC Trinucleotide Repeats.
Biophys J
; 113(1): 19-36, 2017 Jul 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28700917
16.
Comparative melting and healing of B-DNA and Z-DNA by an infrared laser pulse.
J Chem Phys
; 144(14): 145101, 2016 Apr 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27083751
17.
Investigation of the Structure of Full-Length Tau Proteins with Coarse-Grained and All-Atom Molecular Dynamics Simulations.
ACS Chem Neurosci
; 14(2): 209-217, 2023 01 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36563129
18.
Phosphorylation of Tau R2 Repeat Destabilizes Its Binding to Microtubules: A Molecular Dynamics Simulation Study.
ACS Chem Neurosci
; 14(3): 458-467, 2023 02 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36669127
19.
Comparison and summary of in silico prediction tools for CYP450-mediated drug metabolism.
Drug Discov Today
; 28(10): 103728, 2023 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37517604
20.
Unpolarized laser method for infrared spectrum calculation of amide I CO bonds in proteins using molecular dynamics simulation.
Comput Biol Med
; 159: 106902, 2023 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37086661