Detalles de la búsqueda
1.
CD8+ T Cell-Dependent Antitumor Activity In Vivo of a Mass Spectrometry-Identified Neoepitope despite Undetectable CD8+ Immunogenicity In Vitro.
J Immunol
; 2023 Nov 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37966257
2.
Semi-supervised learning for somatic variant calling and peptide identification in personalized cancer immunotherapy.
BMC Bioinformatics
; 21(Suppl 18): 498, 2020 Dec 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33375939
3.
Single cell RNA-seq data clustering using TF-IDF based methods.
BMC Genomics
; 19(Suppl 6): 569, 2018 Aug 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30367575
4.
CD11c+ MHCIIlo GM-CSF-bone marrow-derived dendritic cells act as antigen donor cells and as antigen presenting cells in neoepitope-elicited tumor immunity against a mouse fibrosarcoma.
Cancer Immunol Immunother
; 67(9): 1449-1459, 2018 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30030558
5.
Fast bootstrapping-based estimation of confidence intervals of expression levels and differential expression from RNA-Seq data.
Bioinformatics
; 33(20): 3302-3304, 2017 Oct 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28605502
6.
Network-based bioinformatics analysis of spatio-temporal RNA-Seq data reveals transcriptional programs underpinning normal and aberrant retinal development.
BMC Genomics
; 17 Suppl 5: 495, 2016 08 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27586787
7.
Metabolic pathway predictions for metabolomics: a molecular structure matching approach.
J Chem Inf Model
; 55(3): 709-18, 2015 Mar 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25668446
8.
Feature selection and classifier performance on diverse bio- logical datasets.
BMC Bioinformatics
; 15 Suppl 13: S4, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25434802
9.
Bootstrap-based differential gene expression analysis for RNA-Seq data with and without replicates.
BMC Genomics
; 15 Suppl 8: S2, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25435284
10.
BioSM: metabolomics tool for identifying endogenous mammalian biochemical structures in chemical structure space.
J Chem Inf Model
; 53(3): 601-12, 2013 Mar 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23330685
11.
In silico enzymatic synthesis of a 400,000 compound biochemical database for nontargeted metabolomics.
J Chem Inf Model
; 53(9): 2483-92, 2013 Sep 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23991755
12.
GeNeo: A Bioinformatics Toolbox for Genomics-Guided Neoepitope Prediction.
J Comput Biol
; 30(4): 538-551, 2023 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36999902
13.
Towards accurate detection and genotyping of expressed variants from whole transcriptome sequencing data.
BMC Genomics
; 13 Suppl 2: S6, 2012 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22537301
14.
TNet: Transmission Network Inference Using Within-Host Strain Diversity and its Application to Geographical Tracking of COVID-19 Spread.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 19(1): 230-242, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34255632
15.
Linkage disequilibrium based genotype calling from low-coverage shotgun sequencing reads.
BMC Bioinformatics
; 12 Suppl 1: S53, 2011 Feb 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21342586
16.
PrimerHunter: a primer design tool for PCR-based virus subtype identification.
Nucleic Acids Res
; 37(8): 2483-92, 2009 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19264805
17.
SC1: A Tool for Interactive Web-Based Single-Cell RNA-Seq Data Analysis.
J Comput Biol
; 28(8): 820-841, 2021 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34115950
18.
Pipeline for Analyzing Activity of Metabolic Pathways in Planktonic Communities Using Metatranscriptomic Data.
J Comput Biol
; 28(8): 842-855, 2021 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34264744
19.
Direct reprogramming of oligodendrocyte precursor cells into GABAergic inhibitory neurons by a single homeodomain transcription factor Dlx2.
Sci Rep
; 11(1): 3552, 2021 02 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33574458
20.
An unbiased approach to defining bona fide cancer neoepitopes that elicit immune-mediated cancer rejection.
J Clin Invest
; 131(3)2021 02 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33320837