Detalles de la búsqueda
1.
Mitochondrial ATP generation is more proteome efficient than glycolysis.
Nat Chem Biol
; 2024 Mar 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38448734
2.
Multiple spillovers from humans and onward transmission of SARS-CoV-2 in white-tailed deer.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(6)2022 02 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35078920
3.
KETCHUP: Parameterizing of large-scale kinetic models using multiple datasets with different reference states.
Metab Eng
; 82: 123-133, 2024 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38336004
4.
Computational prediction of the effect of amino acid changes on the binding affinity between SARS-CoV-2 spike RBD and human ACE2.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(42)2021 10 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34588290
5.
De novo design and Rosetta-based assessment of high-affinity antibody variable regions (Fv) against the SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD).
Proteins
; 91(2): 196-208, 2023 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36111441
6.
Evaluating proteome allocation of Saccharomyces cerevisiae phenotypes with resource balance analysis.
Metab Eng
; 77: 242-255, 2023 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37080482
7.
Rank-ordering of known enzymes as starting points for re-engineering novel substrate activity using a convolutional neural network.
Metab Eng
; 78: 171-182, 2023 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37301359
8.
A detailed genome-scale metabolic model of Clostridium thermocellum investigates sources of pyrophosphate for driving glycolysis.
Metab Eng
; 77: 306-322, 2023 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37085141
9.
Comparative study of two Saccharomyces cerevisiae strains with kinetic models at genome-scale.
Metab Eng
; 76: 1-17, 2023 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36603705
10.
Quantifying the propagation of parametric uncertainty on flux balance analysis.
Metab Eng
; 69: 26-39, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34718140
11.
Assessing the impact of substrate-level enzyme regulations limiting ethanol titer in Clostridium thermocellum using a core kinetic model.
Metab Eng
; 69: 286-301, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34982997
12.
Functional Analysis of H+-Pumping Membrane-Bound Pyrophosphatase, ADP-Glucose Synthase, and Pyruvate Phosphate Dikinase as Pyrophosphate Sources in Clostridium thermocellum.
Appl Environ Microbiol
; 88(4): e0185721, 2022 02 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34936842
13.
Dissecting the metabolic reprogramming of maize root under nitrogen-deficient stress conditions.
J Exp Bot
; 73(1): 275-291, 2022 01 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34554248
14.
dGPredictor: Automated fragmentation method for metabolic reaction free energy prediction and de novo pathway design.
PLoS Comput Biol
; 17(9): e1009448, 2021 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34570771
15.
Elucidation of trophic interactions in an unusual single-cell nitrogen-fixing symbiosis using metabolic modeling.
PLoS Comput Biol
; 17(5): e1008983, 2021 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33961619
16.
SNPeffect: identifying functional roles of SNPs using metabolic networks.
Plant J
; 103(2): 512-531, 2020 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32167625
17.
Recent advances in constraint and machine learning-based metabolic modeling by leveraging stoichiometric balances, thermodynamic feasibility and kinetic law formalisms.
Metab Eng
; 63: 13-33, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33310118
18.
Comparative genomics reveals the molecular determinants of rapid growth of the cyanobacterium Synechococcus elongatus UTEX 2973.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(50): E11761-E11770, 2018 12 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30409802
19.
Genome-Scale Fluxome of Synechococcus elongatus UTEX 2973 Using Transient 13C-Labeling Data.
Plant Physiol
; 179(2): 761-769, 2019 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30552197
20.
Exploiting the Genetic Diversity of Maize Using a Combined Metabolomic, Enzyme Activity Profiling, and Metabolic Modeling Approach to Link Leaf Physiology to Kernel Yield.
Plant Cell
; 29(5): 919-943, 2017 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28396554