Detalles de la búsqueda
1.
msqrob2PTM: Differential Abundance and Differential Usage Analysis of MS-Based Proteomics Data at the Posttranslational Modification and Peptidoform Level.
Mol Cell Proteomics
; 23(2): 100708, 2024 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38154689
2.
FAVA: high-quality functional association networks inferred from scRNA-seq and proteomics data.
Bioinformatics
; 40(2)2024 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38192003
3.
Updated MS²PIP web server supports cutting-edge proteomics applications.
Nucleic Acids Res
; 51(W1): W338-W342, 2023 07 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37140039
4.
Intensity and retention time prediction improves the rescoring of protein-nucleic acid cross-links.
Proteomics
; 24(8): e2300144, 2024 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38629965
5.
MS2Rescore 3.0 Is a Modular, Flexible, and User-Friendly Platform to Boost Peptide Identifications, as Showcased with MS Amanda 3.0.
J Proteome Res
; 2024 Mar 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38491990
6.
Benefit of In Silico Predicted Spectral Libraries in Data-Independent Acquisition Data Analysis Workflows.
J Proteome Res
; 23(6): 2078-2089, 2024 Jun 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38666436
7.
DeepLC can predict retention times for peptides that carry as-yet unseen modifications.
Nat Methods
; 18(11): 1363-1369, 2021 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34711972
8.
PepGM: a probabilistic graphical model for taxonomic inference of viral proteome samples with associated confidence scores.
Bioinformatics
; 39(5)2023 05 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37129543
9.
Ionmob: a Python package for prediction of peptide collisional cross-section values.
Bioinformatics
; 39(9)2023 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37540201
10.
MS2Rescore: Data-Driven Rescoring Dramatically Boosts Immunopeptide Identification Rates.
Mol Cell Proteomics
; 21(8): 100266, 2022 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35803561
11.
Quality Control for the Target Decoy Approach for Peptide Identification.
J Proteome Res
; 22(2): 350-358, 2023 02 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36648107
12.
psm_utils: A High-Level Python API for Parsing and Handling Peptide-Spectrum Matches and Proteomics Search Results.
J Proteome Res
; 22(2): 557-560, 2023 02 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36508242
13.
Machine Learning on Large-Scale Proteomics Data Identifies Tissue and Cell-Type Specific Proteins.
J Proteome Res
; 22(4): 1181-1192, 2023 04 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36963412
14.
Unipept Desktop 2.0: Construction of Targeted Reference Protein Databases for Metaproteogenomics Analyses.
J Proteome Res
; 22(8): 2620-2628, 2023 08 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37459443
15.
Toward an Integrated Machine Learning Model of a Proteomics Experiment.
J Proteome Res
; 22(3): 681-696, 2023 03 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36744821
16.
Unipept Visualizations: an interactive visualization library for biological data.
Bioinformatics
; 38(2): 562-563, 2022 01 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34390575
17.
The nutritional composition and cell size of microbial biomass for food applications are defined by the growth conditions.
Microb Cell Fact
; 22(1): 254, 2023 Dec 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38072930
18.
Data Management of Sensitive Human Proteomics Data: Current Practices, Recommendations, and Perspectives for the Future.
Mol Cell Proteomics
; 20: 100071, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33711481
19.
Spectral Prediction Features as a Solution for the Search Space Size Problem in Proteogenomics.
Mol Cell Proteomics
; 20: 100076, 2021.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33823297
20.
Panoramic Perspective on Human Phosphosites.
J Proteome Res
; 21(8): 1894-1915, 2022 08 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35793420