Detalles de la búsqueda
1.
Structural and energetic analysis of metastable intermediate states in the E1P-E2P transition of Ca2+-ATPase.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(40)2021 10 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34593638
2.
Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images.
PLoS Comput Biol
; 18(12): e1010384, 2022 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36580448
3.
Rigid-body fitting to atomic force microscopy images for inferring probe shape and biomolecular structure.
PLoS Comput Biol
; 17(7): e1009215, 2021 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34283829
4.
Coarse-Grained Modeling of Multiple Pathways in Conformational Transitions of Multi-Domain Proteins.
J Chem Inf Model
; 61(5): 2427-2443, 2021 05 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33956432
5.
Tumor invasion to the arteries feeding the gallbladder as a novel risk factor for cholecystitis after metallic stent placement in distal malignant biliary obstruction.
Dig Endosc
; 30(3): 380-387, 2018 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29181859
6.
Exploring Configuration Space and Path Space of Biomolecules Using Enhanced Sampling Techniques-Searching for Mechanism and Kinetics of Biomolecular Functions.
Int J Mol Sci
; 19(10)2018 Oct 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30326661
7.
GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms.
J Comput Chem
; 38(25): 2193-2206, 2017 09 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28718930
8.
Sequential data assimilation for single-molecule FRET photon-counting data.
J Chem Phys
; 142(21): 214115, 2015 Jun 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26049487
9.
Representation of Protein Dynamics Disentangled by Time-Structure-Based Prior.
J Chem Theory Comput
; 20(1): 436-450, 2024 Jan 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38151233
10.
Minimum free energy path of ligand-induced transition in adenylate kinase.
PLoS Comput Biol
; 8(6): e1002555, 2012.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22685395
11.
Spatio-temporal hierarchy in the dynamics of a minimalist protein model.
J Chem Phys
; 139(21): 215101, 2013 Dec 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24320403
12.
End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images.
Sci Rep
; 13(1): 129, 2023 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36599879
13.
[A case of endocrine carcinoma of the cecum treated with CDDP/VP-16].
Gan To Kagaku Ryoho
; 39(8): 1255-8, 2012 Aug.
Artículo
en Japonés
| MEDLINE | ID: mdl-22902453
14.
Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation.
Biophys Rev
; 14(6): 1503-1512, 2022 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36659993
15.
Construction of a Humanized Artificial VHH Library Reproducing Structural Features of Camelid VHHs for Therapeutics.
Antibodies (Basel)
; 11(1)2022 Jan 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35225868
16.
Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loop by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering.
Life (Basel)
; 11(12)2021 Dec 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34947959
17.
Use of single-molecule time-series data for refining conformational dynamics in molecular simulations.
Curr Opin Struct Biol
; 61: 153-159, 2020 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32004808
18.
Multivariate frequency domain analysis of protein dynamics.
J Chem Phys
; 130(12): 124104, 2009 Mar 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19334805
19.
Building a macro-mixing dual-basin Go model using the Multistate Bennett Acceptance Ratio.
Biophys Physicobiol
; 16: 310-321, 2019.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31984186
20.
Linking time-series of single-molecule experiments with molecular dynamics simulations by machine learning.
Elife
; 72018 05 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29723137