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IsoForma: An R Package for Quantifying and Visualizing Positional Isomers in Top-Down LC-MS/MS Data.
J Proteome Res
; 2024 Feb 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38421884
2.
PMart Web Application: Marketplace for Interactive Analysis of Panomics Data.
J Proteome Res
; 2023 Dec 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38085827
3.
PSpecteR: A User-Friendly and Interactive Application for Visualizing Top-Down and Bottom-Up Proteomics Data in R.
J Proteome Res
; 20(4): 2014-2020, 2021 04 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33661636
4.
ftmsRanalysis: An R package for exploratory data analysis and interactive visualization of FT-MS data.
PLoS Comput Biol
; 16(3): e1007654, 2020 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32176690
5.
Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry (FT-ICR-MS) peak intensity normalization for complex mixture analyses.
Rapid Commun Mass Spectrom
; 35(9): e9068, 2021 May 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33590907
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ATLAS: a Snakemake workflow for assembly, annotation, and genomic binning of metagenome sequence data.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 257, 2020 Jun 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32571209
7.
pmartR: Quality Control and Statistics for Mass Spectrometry-Based Biological Data.
J Proteome Res
; 18(3): 1418-1425, 2019 03 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30638385
8.
Genomes and secretomes of Ascomycota fungi reveal diverse functions in plant biomass decomposition and pathogenesis.
BMC Genomics
; 20(1): 976, 2019 Dec 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31830917
9.
FQC Dashboard: integrates FastQC results into a web-based, interactive, and extensible FASTQ quality control tool.
Bioinformatics
; 33(19): 3137-3139, 2017 10 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28605449
10.
Network analysis of transcriptomics expands regulatory landscapes in Synechococcus sp. PCC 7002.
Nucleic Acids Res
; 44(18): 8810-8825, 2016 Oct 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27568004
11.
Proteomic profiles of five strains of oxygenic photosynthetic cyanobacteria of the genus Cyanothece.
J Proteome Res
; 13(7): 3262-76, 2014 Jul 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24846609
12.
SPOCS: software for predicting and visualizing orthology/paralogy relationships among genomes.
Bioinformatics
; 29(20): 2641-2, 2013 Oct 15.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23956303
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A Practical Approach to Using the Genomic Standards Consortium MIxS Reporting Standard for Comparative Genomics and Metagenomics.
Methods Mol Biol
; 2802: 587-609, 2024.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38819573
14.
IsoMatchMS: Open-Source Software for Automated Annotation and Visualization of High Resolution MALDI-MS Spectra.
J Am Soc Mass Spectrom
; 34(9): 2061-2064, 2023 Sep 06.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37523489
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VESPA: software to facilitate genomic annotation of prokaryotic organisms through integration of proteomic and transcriptomic data.
BMC Genomics
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22480257
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Modeling microbial dynamics in heterogeneous environments: growth on soil carbon sources.
Microb Ecol
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22193925
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Comparative systems biology across an evolutionary gradient within the Shewanella genus.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 106(37): 15909-14, 2009 Sep 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19805231
18.
Soil Metabolomics Predict Microbial Taxa as Biomarkers of Moisture Status in Soils from a Tidal Wetland.
Microorganisms
; 10(8)2022 Aug 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36014071
19.
Fnr (EtrA) acts as a fine-tuning regulator of anaerobic metabolism in Shewanella oneidensis MR-1.
BMC Microbiol
; 11: 64, 2011 Mar 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21450087
20.
Quantum Mechanical Methods Predict Accurate Thermodynamics of Biochemical Reactions.
ACS Omega
; 6(14): 9948-9959, 2021 Apr 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33869975