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1.
Critical Assessment of Metagenome Interpretation-a benchmark of metagenomics software.
Nat Methods
; 14(11): 1063-1071, 2017 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28967888
2.
Metabolic priming by a secreted fungal effector.
Nature
; 478(7369): 395-8, 2011 Oct 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21976020
3.
UProC: tools for ultra-fast protein domain classification.
Bioinformatics
; 31(9): 1382-8, 2015 May 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25540185
4.
Tax4Fun: predicting functional profiles from metagenomic 16S rRNA data.
Bioinformatics
; 31(17): 2882-4, 2015 Sep 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25957349
5.
Predicting the functional repertoire of an organism from unassembled RNA-seq data.
BMC Genomics
; 15: 1003, 2014 Nov 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25409897
6.
Protein signature-based estimation of metagenomic abundances including all domains of life and viruses.
Bioinformatics
; 29(8): 973-80, 2013 Apr 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23418187
7.
Identification of novel plant peroxisomal targeting signals by a combination of machine learning methods and in vivo subcellular targeting analyses.
Plant Cell
; 23(4): 1556-72, 2011 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21487095
8.
Land use type significantly affects microbial gene transcription in soil.
Microb Ecol
; 67(4): 919-30, 2014 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24553913
9.
Exploring neighborhoods in the metagenome universe.
Int J Mol Sci
; 15(7): 12364-78, 2014 Jul 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25026170
10.
Improving Hidden Markov Models for classification of human immunodeficiency virus-1 subtypes through linear classifier learning.
Stat Appl Genet Mol Biol
; 11(1): Article 1, 2012 Jan 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22499688
11.
CoMet--a web server for comparative functional profiling of metagenomes.
Nucleic Acids Res
; 39(Web Server issue): W518-23, 2011 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21622656
12.
Mixture models for analysis of the taxonomic composition of metagenomes.
Bioinformatics
; 27(12): 1618-24, 2011 Jun 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21546400
13.
MarVis-Filter: ranking, filtering, adduct and isotope correction of mass spectrometry data.
J Biomed Biotechnol
; 2012: 263910, 2012.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22550397
14.
DIALIGN-TX and multiple protein alignment using secondary structure information at GOBICS.
Nucleic Acids Res
; 38(Web Server issue): W19-22, 2010 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20497995
15.
The COP9 signalosome mediates transcriptional and metabolic response to hormones, oxidative stress protection and cell wall rearrangement during fungal development.
Mol Microbiol
; 78(4): 964-79, 2010 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21062371
16.
Treephyler: fast taxonomic profiling of metagenomes.
Bioinformatics
; 26(7): 960-1, 2010 Apr 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20172941
17.
Orphelia: predicting genes in metagenomic sequencing reads.
Nucleic Acids Res
; 37(Web Server issue): W101-5, 2009 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19429689
18.
Predicting phenotypic traits of prokaryotes from protein domain frequencies.
BMC Bioinformatics
; 11: 481, 2010 Sep 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20868492
19.
Tax4Fun2: prediction of habitat-specific functional profiles and functional redundancy based on 16S rRNA gene sequences.
Environ Microbiome
; 15(1): 11, 2020 May 18.
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| MEDLINE | ID: mdl-33902725
20.
MarVis: a tool for clustering and visualization of metabolic biomarkers.
BMC Bioinformatics
; 10: 92, 2009 Mar 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19302701