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Towards generalizable predictions for G protein-coupled receptor variant expression.
Biophys J
; 121(14): 2712-2720, 2022 07 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35715957
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A Multitask Deep-Learning Method for Predicting Membrane Associations and Secondary Structures of Proteins.
J Proteome Res
; 20(8): 4089-4100, 2021 08 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34236204
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General Purpose Structure-Based Drug Discovery Neural Network Score Functions with Human-Interpretable Pharmacophore Maps.
J Chem Inf Model
; 61(2): 603-620, 2021 02 22.
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| MEDLINE | ID: mdl-33496578
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BCL::Conf: Improved Open-Source Knowledge-Based Conformation Sampling Using the Crystallography Open Database.
J Chem Inf Model
; 61(1): 189-201, 2021 01 25.
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| MEDLINE | ID: mdl-33351632
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BCL::MolAlign: Three-Dimensional Small Molecule Alignment for Pharmacophore Mapping.
J Chem Inf Model
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| MEDLINE | ID: mdl-30707580
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BCL::Mol2D-a robust atom environment descriptor for QSAR modeling and lead optimization.
J Comput Aided Mol Des
; 33(5): 477-486, 2019 05.
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| MEDLINE | ID: mdl-30955193
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Improving prediction of helix-helix packing in membrane proteins using predicted contact numbers as restraints.
Proteins
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| MEDLINE | ID: mdl-28263405
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Documentation of an Imperative To Improve Methods for Predicting Membrane Protein Stability.
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; 55(36): 5002-9, 2016 09 13.
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| MEDLINE | ID: mdl-27564391
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Accurate Prediction of Contact Numbers for Multi-Spanning Helical Membrane Proteins.
J Chem Inf Model
; 56(2): 423-34, 2016 Feb 22.
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| MEDLINE | ID: mdl-26804342
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Improving quantitative structure-activity relationship models using Artificial Neural Networks trained with dropout.
J Comput Aided Mol Des
; 30(2): 177-89, 2016 Feb.
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| MEDLINE | ID: mdl-26830599
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Autocorrelation descriptor improvements for QSAR: 2DA_Sign and 3DA_Sign.
J Comput Aided Mol Des
; 30(3): 209-17, 2016 Mar.
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| MEDLINE | ID: mdl-26721261
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Benchmarking ligand-based virtual High-Throughput Screening with the PubChem database.
Molecules
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| MEDLINE | ID: mdl-23299552
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Calcium-activated nonspecific cation current and synaptic depression promote network-dependent burst oscillations.
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| MEDLINE | ID: mdl-19196976
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Introduction to the BioChemical Library (BCL): An Application-Based Open-Source Toolkit for Integrated Cheminformatics and Machine Learning in Computer-Aided Drug Discovery.
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| MEDLINE | ID: mdl-35264967
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Efficient Sampling of Protein Loop Regions Using Conformational Hashing Complemented with Random Coordinate Descent.
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| MEDLINE | ID: mdl-33373213
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Interfaces Between Alpha-helical Integral Membrane Proteins: Characterization, Prediction, and Docking.
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| MEDLINE | ID: mdl-31303974
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Protein structure aids predicting functional perturbation of missense variants in SCN5A and KCNQ1.
Comput Struct Biotechnol J
; 17: 206-214, 2019.
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| MEDLINE | ID: mdl-30828412
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4-Aminopyridine-sensitive outward currents in preBötzinger complex neurons influence respiratory rhythm generation in neonatal mice.
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| MEDLINE | ID: mdl-18258659
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Predicting the Functional Impact of KCNQ1 Variants of Unknown Significance.
Circ Cardiovasc Genet
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| MEDLINE | ID: mdl-29021305
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BCL::Conf: small molecule conformational sampling using a knowledge based rotamer library.
J Cheminform
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| MEDLINE | ID: mdl-26473018