Detalles de la búsqueda
1.
Genome-scale metabolic modeling reveals key features of a minimal gene set.
Mol Syst Biol
; 17(7): e10099, 2021 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34288418
2.
Bacterial fitness landscapes stratify based on proteome allocation associated with discrete aero-types.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008596, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33465077
3.
Cellular responses to reactive oxygen species are predicted from molecular mechanisms.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(28): 14368-14373, 2019 07 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31270234
4.
Adaptations of Escherichia coli strains to oxidative stress are reflected in properties of their structural proteomes.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 162, 2020 Apr 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32349661
5.
Expanding the uses of genome-scale models with protein structures.
Mol Syst Biol
; 15(11): e8601, 2019 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31777175
6.
A computational knowledge-base elucidates the response of Staphylococcus aureus to different media types.
PLoS Comput Biol
; 15(1): e1006644, 2019 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30625152
7.
Systematic discovery of uncharacterized transcription factors in Escherichia coli K-12 MG1655.
Nucleic Acids Res
; 46(20): 10682-10696, 2018 11 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30137486
8.
Thermosensitivity of growth is determined by chaperone-mediated proteome reallocation.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(43): 11548-11553, 2017 10 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29073085
9.
Global transcriptional regulatory network for Escherichia coli robustly connects gene expression to transcription factor activities.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(38): 10286-10291, 2017 09 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28874552
10.
Mechanisms for Benzene Dissociation through the Excited State of T4 Lysozyme L99A Mutant.
Biophys J
; 116(2): 205-214, 2019 01 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30606449
11.
ssbio: a Python framework for structural systems biology.
Bioinformatics
; 34(12): 2155-2157, 2018 06 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29444205
12.
Unique attributes of cyanobacterial metabolism revealed by improved genome-scale metabolic modeling and essential gene analysis.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(51): E8344-E8353, 2016 12 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27911809
13.
A Multi-scale Computational Platform to Mechanistically Assess the Effect of Genetic Variation on Drug Responses in Human Erythrocyte Metabolism.
PLoS Comput Biol
; 12(7): e1005039, 2016 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27467583
14.
Establishing comprehensive quaternary structural proteomes from genome sequence.
bioRxiv
; 2024 Apr 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38712217
15.
Establishing comprehensive quaternary structural proteomes from genome sequence.
Res Sq
; 2023 May 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37292890
16.
Structure of galactarate dehydratase, a new fold in an enolase involved in bacterial fitness after antibiotic treatment.
Protein Sci
; 29(3): 711-722, 2020 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31811683
17.
The Staphylococcus aureus Two-Component System AgrAC Displays Four Distinct Genomic Arrangements That Delineate Genomic Virulence Factor Signatures.
Front Microbiol
; 9: 1082, 2018.
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| MEDLINE | ID: mdl-29887846
18.
Machine learning and structural analysis of Mycobacterium tuberculosis pan-genome identifies genetic signatures of antibiotic resistance.
Nat Commun
; 9(1): 4306, 2018 10 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30333483
19.
Machine learning applied to enzyme turnover numbers reveals protein structural correlates and improves metabolic models.
Nat Commun
; 9(1): 5252, 2018 12 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30531987
20.
Escherichia coli B2 strains prevalent in inflammatory bowel disease patients have distinct metabolic capabilities that enable colonization of intestinal mucosa.
BMC Syst Biol
; 12(1): 66, 2018 06 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29890970