Detalles de la búsqueda
1.
On Inactivation of the Coronavirus Main Protease.
J Chem Inf Model
; 64(5): 1644-1656, 2024 Mar 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38423522
2.
Identification of the riboflavin cofactor-binding site in the Vibrio cholerae ion-pumping NQR complex: A novel structural motif in redox enzymes.
J Biol Chem
; 298(8): 102182, 2022 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35752362
3.
Learned mappings for targeted free energy perturbation between peptide conformations.
J Chem Phys
; 159(12)2023 Sep 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38127367
4.
Bayesian Regression Quantifies Uncertainty of Binding Parameters from Isothermal Titration Calorimetry More Accurately Than Error Propagation.
Int J Mol Sci
; 24(20)2023 Oct 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37894754
5.
Electrostatics and water occlusion regulate covalently-bound flavin mononucleotide cofactors of Vibrio cholerae respiratory complex NQR.
Proteins
; 89(10): 1376-1385, 2021 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34091964
6.
Conserved residue His-257 of Vibrio cholerae flavin transferase ApbE plays a critical role in substrate binding and catalysis.
J Biol Chem
; 294(37): 13800-13810, 2019 09 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31350338
7.
Alchemical Grid Dock (AlGDock): Binding Free Energy Calculations between Flexible Ligands and Rigid Receptors.
J Comput Chem
; 41(7): 715-730, 2020 03 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31397498
8.
On Restraints in End-Point Protein-Ligand Binding Free Energy Calculations.
J Comput Chem
; 41(6): 573-586, 2020 03 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31821590
9.
On the polarization of ligands by proteins.
Phys Chem Chem Phys
; 22(21): 12044-12057, 2020 Jun 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32421120
10.
A Structural Model for Bax∆2-Mediated Activation of Caspase 8-Dependent Apoptosis.
Int J Mol Sci
; 21(15)2020 Jul 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32751845
11.
Characterization of the Pseudomonas aeruginosa NQR complex, a bacterial proton pump with roles in autopoisoning resistance.
J Biol Chem
; 293(40): 15664-15677, 2018 10 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30135204
12.
Alchemical Grid Dock (AlGDock) calculations in the D3R Grand Challenge 3 : Binding free energies between flexible ligands and rigid receptors.
J Comput Aided Mol Des
; 33(1): 61-69, 2019 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30084078
13.
Nonequilibrium path-ensemble averages for symmetric protocols.
J Chem Phys
; 151(19): 194103, 2019 Nov 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31757156
14.
Identification of the Catalytic Ubiquinone-binding Site of Vibrio cholerae Sodium-dependent NADH Dehydrogenase: A NOVEL UBIQUINONE-BINDING MOTIF.
J Biol Chem
; 292(7): 3039-3048, 2017 02 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28053088
15.
Power transformations improve interpolation of grids for molecular mechanics interaction energies.
J Comput Chem
; 39(19): 1200-1207, 2018 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29457253
16.
Using the fast fourier transform in binding free energy calculations.
J Comput Chem
; 39(11): 621-636, 2018 04 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29270990
17.
Efficiency of Stratification for Ensemble Docking Using Reduced Ensembles.
J Chem Inf Model
; 58(9): 1915-1925, 2018 09 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30114370
18.
Implicit ligand theory for relative binding free energies.
J Chem Phys
; 148(10): 104114, 2018 Mar 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29544299
19.
Effects of Catalytic Action and Ligand Binding on Conformational Ensembles of Adenylate Kinase.
Biochemistry
; 56(34): 4559-4567, 2017 08 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28767234
20.
Correction to "Efficiency of Stratification for Ensemble Docking Using Reduced Ensembles".
J Chem Inf Model
; 59(2): 944, 2019 Feb 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30730727