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1.
Modeling Structural Constraints on Protein Evolution via Side-Chain Conformational States.
Mol Biol Evol
; 36(9): 2086-2103, 2019 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31114882
2.
SKEMPI 2.0: an updated benchmark of changes in protein-protein binding energy, kinetics and thermodynamics upon mutation.
Bioinformatics
; 35(3): 462-469, 2019 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30020414
3.
IRaPPA: information retrieval based integration of biophysical models for protein assembly selection.
Bioinformatics
; 33(12): 1806-1813, 2017 Jun 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28200016
4.
A systematic analysis of scoring functions in rigid-body protein docking: The delicate balance between the predictive rate improvement and the risk of overtraining.
Proteins
; 85(7): 1287-1297, 2017 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28342242
5.
A machine learning approach for ranking clusters of docked protein-protein complexes by pairwise cluster comparison.
Proteins
; 85(3): 528-543, 2017 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27935158
6.
pyDock scoring for the new modeling challenges in docking: Protein-peptide, homo-multimers, and domain-domain interactions.
Proteins
; 85(3): 487-496, 2017 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27701776
7.
The structural basis for enhancer-dependent assembly and activation of the AAA transcriptional activator NorR.
Mol Microbiol
; 95(1): 17-30, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25354037
8.
CCharPPI web server: computational characterization of protein-protein interactions from structure.
Bioinformatics
; 31(1): 123-5, 2015 Jan 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25183488
9.
Inferring the microscopic surface energy of protein-protein interfaces from mutation data.
Proteins
; 83(4): 640-50, 2015 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25586563
10.
Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI.
Proteins
; 82(4): 620-32, 2014 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24155158
11.
SwarmDock: a server for flexible protein-protein docking.
Bioinformatics
; 29(6): 807-9, 2013 Mar 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23343604
12.
Characterizing changes in the rate of protein-protein dissociation upon interface mutation using hotspot energy and organization.
PLoS Comput Biol
; 9(9): e1003216, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24039569
13.
The scoring of poses in protein-protein docking: current capabilities and future directions.
BMC Bioinformatics
; 14: 286, 2013 Oct 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24079540
14.
A Markov-chain model description of binding funnels to enhance the ranking of docked solutions.
Proteins
; 81(12): 2143-9, 2013 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23900714
15.
Expanding the frontiers of protein-protein modeling: from docking and scoring to binding affinity predictions and other challenges.
Proteins
; 81(12): 2192-200, 2013 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23934865
16.
SKEMPI: a Structural Kinetic and Energetic database of Mutant Protein Interactions and its use in empirical models.
Bioinformatics
; 28(20): 2600-7, 2012 Oct 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22859501
17.
Kinetic rate constant prediction supports the conformational selection mechanism of protein binding.
PLoS Comput Biol
; 8(1): e1002351, 2012 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22253587
18.
KA-Search, a method for rapid and exhaustive sequence identity search of known antibodies.
Sci Rep
; 13(1): 11612, 2023 07 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37463925
19.
Protein-protein binding affinity prediction on a diverse set of structures.
Bioinformatics
; 27(21): 3002-9, 2011 Nov 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21903632
20.
AbLang: an antibody language model for completing antibody sequences.
Bioinform Adv
; 2(1): vbac046, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36699403