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1.
Unexplored Vinylic-Substituted 5-Benzylidenethiazolidine-2,4-diones: Synthesis and DFT/NMR Stereochemical Assignment.
J Org Chem
; 88(6): 3724-3739, 2023 Mar 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36847759
2.
Quantum Mechanical Prediction of Dissociation Constants for Thiazol-2-imine Derivatives.
J Chem Inf Model
; 63(10): 2992-3004, 2023 05 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37126823
3.
Molecular Mechanism of Protein Arginine Deiminase 2: A Study Involving Multiple Microsecond Long Molecular Dynamics Simulations.
Biochemistry
; 61(13): 1286-1297, 2022 07 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35737372
4.
Impact of Deamidation on the Structure and Function of Antiapoptotic Bcl-xL.
J Chem Inf Model
; 62(1): 102-115, 2022 01 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34942070
5.
Using Atomic Charges to Describe the pKa of Carboxylic Acids.
J Chem Inf Model
; 61(6): 2733-2743, 2021 06 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34137248
6.
Elucidation of the atroposelectivity in the synthesis of axially chiral thiohydantoin derivatives.
Org Biomol Chem
; 18(12): 2233-2241, 2020 03 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32022073
7.
Semi-Empirical Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (SEBOMD) within the Amber Biomolecular Package.
J Chem Inf Model
; 59(1): 206-214, 2019 01 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30433776
8.
Digitizing Poly-l-lysine Dendrigrafts: From Experimental Data to Molecular Dynamics Simulations.
J Chem Inf Model
; 57(9): 2173-2180, 2017 09 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28853871
9.
Assessing protein-ligand binding modes with computational tools: the case of PDE4B.
J Comput Aided Mol Des
; 31(6): 563-575, 2017 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28534194
10.
Molecular dynamics simulations of apo, holo, and inactivator bound GABA-at reveal the role of active site residues in PLP dependent enzymes.
Proteins
; 84(7): 875-91, 2016 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26800298
11.
Why does Asn71 deamidate faster than Asn15 in the enzyme triosephosphate isomerase? Answers from microsecond molecular dynamics simulation and QM/MM free energy calculations.
Biochemistry
; 54(6): 1429-39, 2015 Feb 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25602614
12.
Rationalization of the pKa values of alcohols and thiols using atomic charge descriptors and its application to the prediction of amino acid pKa's.
J Chem Inf Model
; 54(8): 2200-13, 2014 Aug 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25089727
13.
Water interactions with hydrophobic groups: assessment and recalibration of semiempirical molecular orbital methods.
J Chem Phys
; 141(3): 034106, 2014 Jul 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25053300
14.
X-ray, ESR, and quantum mechanics studies unravel a spin well in the cofactor-less urate oxidase.
Proteins
; 79(6): 1964-76, 2011 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21491497
15.
Peptide binding to ß-cyclodextrins: structure, dynamics, energetics, and electronic effects.
J Phys Chem A
; 115(42): 11810-7, 2011 Oct 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21913730
16.
Computer simulation of reactions in beta-cyclodextrin molecular reactors: transition state recognition.
Org Biomol Chem
; 8(19): 4346-55, 2010 Oct 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20697609
17.
Deamidation of asparagine residues: direct hydrolysis versus succinimide-mediated deamidation mechanisms.
J Phys Chem A
; 113(6): 1111-20, 2009 Feb 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19152321
18.
Intrinsic reactivity of uric acid with dioxygen: Towards the elucidation of the catalytic mechanism of urate oxidase.
Bioorg Chem
; 37(4): 111-25, 2009 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19539344
19.
Dendrigraft of Poly-l-lysine as a Promising Candidate To Reverse Heparin-based Anticoagulants in Clinical Settings.
ACS Med Chem Lett
; 10(6): 917-922, 2019 Jun 13.
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| MEDLINE | ID: mdl-31223448
20.
Oxygen pressurized X-ray crystallography: probing the dioxygen binding site in cofactorless urate oxidase and implications for its catalytic mechanism.
Biophys J
; 95(5): 2415-22, 2008 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18375516