Detalles de la búsqueda
1.
Using Genome-scale Models to Predict Biological Capabilities.
Cell
; 161(5): 971-987, 2015 May 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26000478
2.
A curated collection of Klebsiella metabolic models reveals variable substrate usage and gene essentiality.
Genome Res
; 32(5): 1004-1014, 2022 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35277433
3.
Systems biology approach to functionally assess the Clostridioides difficile pangenome reveals genetic diversity with discriminatory power.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(18): e2119396119, 2022 05 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35476524
4.
Cerebrospinal fluid and plasma metabolomics of acute endurance exercise.
FASEB J
; 36(7): e22408, 2022 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35713567
5.
Metabolomic and exposomic biomarkers of risk of future neurodevelopmental delay in human milk.
Pediatr Res
; 93(6): 1710-1720, 2023 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36109618
6.
Impact of insertion sequences on convergent evolution of Shigella species.
PLoS Genet
; 16(7): e1008931, 2020 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32644999
7.
High-quality genome-scale metabolic network reconstruction of probiotic bacterium Escherichia coli Nissle 1917.
BMC Bioinformatics
; 23(1): 566, 2022 Dec 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36585633
8.
Comparative pangenomics: analysis of 12 microbial pathogen pangenomes reveals conserved global structures of genetic and functional diversity.
BMC Genomics
; 23(1): 7, 2022 Jan 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34983386
9.
Transmission of Klebsiella strains and plasmids within and between grey-headed flying fox colonies.
Environ Microbiol
; 24(9): 4425-4436, 2022 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35590448
10.
Genome-scale metabolic modeling reveals key features of a minimal gene set.
Mol Syst Biol
; 17(7): e10099, 2021 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34288418
11.
Cellular responses to reactive oxygen species are predicted from molecular mechanisms.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(28): 14368-14373, 2019 07 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31270234
12.
Machine learning with random subspace ensembles identifies antimicrobial resistance determinants from pan-genomes of three pathogens.
PLoS Comput Biol
; 16(3): e1007608, 2020 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32119670
13.
Thermodynamic favorability and pathway yield as evolutionary tradeoffs in biosynthetic pathway choice.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(44): 11339-11344, 2018 10 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30309961
14.
Adaptations of Escherichia coli strains to oxidative stress are reflected in properties of their structural proteomes.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 162, 2020 Apr 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32349661
15.
Distinct Subpopulations of Intravalvular Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus with Variable Susceptibility to Daptomycin in Tricuspid Valve Endocarditis.
Antimicrob Agents Chemother
; 64(3)2020 02 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31932377
16.
A computational knowledge-base elucidates the response of Staphylococcus aureus to different media types.
PLoS Comput Biol
; 15(1): e1006644, 2019 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30625152
17.
BOFdat: Generating biomass objective functions for genome-scale metabolic models from experimental data.
PLoS Comput Biol
; 15(4): e1006971, 2019 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31009451
18.
Systems-level analysis of NalD mutation, a recurrent driver of rapid drug resistance in acute Pseudomonas aeruginosa infection.
PLoS Comput Biol
; 15(12): e1007562, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31860667
19.
Constraint-based models predict metabolic and associated cellular functions.
Nat Rev Genet
; 15(2): 107-20, 2014 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24430943
20.
Predicting Antimicrobial Resistance and Associated Genomic Features from Whole-Genome Sequencing.
J Clin Microbiol
; 57(2)2019 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30463894