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1.
Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics.
Nat Methods
; 18(4): 382-388, 2021 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33782607
2.
Facilitating CG Simulations with MAD: The MArtini Database Server.
J Chem Inf Model
; 63(3): 702-710, 2023 02 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36656159
3.
The C-terminal Domains of Apoptotic BH3-only Proteins Mediate Their Insertion into Distinct Biological Membranes.
J Biol Chem
; 291(48): 25207-25216, 2016 Nov 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27758854
4.
Gold nanoparticles in model biological membranes: A computational perspective.
Biochim Biophys Acta
; 1858(10): 2380-2389, 2016 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27060434
5.
Molecular electrometer and binding of cations to phospholipid bilayers.
Phys Chem Chem Phys
; 18(47): 32560-32569, 2016 Nov 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27874109
6.
Plasticity and conformational equilibria of influenza fusion peptides in model lipid bilayers.
Biochim Biophys Acta
; 1838(4): 1169-79, 2014 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24440592
7.
Hydrophobic compounds reshape membrane domains.
PLoS Comput Biol
; 10(10): e1003873, 2014 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25299598
8.
Calculating the free energy of transfer of small solutes into a model lipid membrane: Comparison between metadynamics and umbrella sampling.
J Chem Phys
; 143(14): 144108, 2015 Oct 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26472364
9.
Stable polyglutamine dimers can contain ß-hairpins with interdigitated side chains-but not α-helices, ß-nanotubes, ß-pseudohelices, or steric zippers.
Biophys J
; 106(8): 1721-8, 2014 Apr 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24739171
10.
Lipid membranes as solvents for carbon nanoparticles.
Phys Rev Lett
; 112(6): 068102, 2014 Feb 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24580709
11.
The molecular structure of a phosphatidylserine bilayer determined by scattering and molecular dynamics simulations.
Soft Matter
; 10(21): 3716-25, 2014 Jun 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24807693
12.
Overlay databank unlocks data-driven analyses of biomolecules for all.
Nat Commun
; 15(1): 1136, 2024 Feb 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38326316
13.
Mechanism for translocation of fluoroquinolones across lipid membranes.
Biochim Biophys Acta
; 1818(11): 2563-71, 2012 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22664062
14.
CGCompiler: Automated Coarse-Grained Molecule Parametrization via Noise-Resistant Mixed-Variable Optimization.
J Chem Theory Comput
; 19(22): 8384-8400, 2023 Nov 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37971301
15.
Pragmatic Coarse-Graining of Proteins: Models and Applications.
J Chem Theory Comput
; 19(20): 7112-7135, 2023 Oct 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37788237
16.
Interaction of C70 fullerene with the Kv1.2 potassium channel.
Phys Chem Chem Phys
; 14(36): 12526-33, 2012 Sep 28.
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| MEDLINE | ID: mdl-23087916
17.
Interaction of Phthalates with Lipid Bilayer Membranes.
J Phys Chem B
; 126(25): 4679-4688, 2022 06 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35708295
18.
Polyply; a python suite for facilitating simulations of macromolecules and nanomaterials.
Nat Commun
; 13(1): 68, 2022 01 10.
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| MEDLINE | ID: mdl-35013176
19.
Polystyrene perturbs the structure, dynamics, and mechanical properties of DPPC membranes: An experimental and computational study.
J Colloid Interface Sci
; 605: 110-119, 2022 Jan.
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| MEDLINE | ID: mdl-34311305
20.
Towards design of drugs and delivery systems with the Martini coarse-grained model.
QRB Discov
; 3: e19, 2022.
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| MEDLINE | ID: mdl-37529288