Detalles de la búsqueda
1.
AnnoView enables large-scale analysis, comparison, and visualization of microbial gene neighborhoods.
Brief Bioinform
; 25(3)2024 Mar 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38747283
2.
Functional analysis of the AUG initiator codon context reveals novel conserved sequences that disfavor mRNA translation in eukaryotes.
Nucleic Acids Res
; 52(3): 1064-1079, 2024 Feb 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38038264
3.
The Transporter Classification Database (TCDB): 2021 update.
Nucleic Acids Res
; 49(D1): D461-D467, 2021 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33170213
4.
PathFams: statistical detection of pathogen-associated protein domains.
BMC Genomics
; 22(1): 663, 2021 Sep 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34521345
5.
Progress in quickly finding orthologs as reciprocal best hits: comparing blast, last, diamond and MMseqs2.
BMC Genomics
; 21(1): 741, 2020 Oct 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33099302
6.
Environmentally-driven gene content convergence and the Bacillus phylogeny.
BMC Evol Biol
; 18(1): 148, 2018 10 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30285626
7.
The Transporter Classification Database (TCDB): recent advances.
Nucleic Acids Res
; 44(D1): D372-9, 2016 Jan 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26546518
8.
Quantitative genome-wide genetic interaction screens reveal global epistatic relationships of protein complexes in Escherichia coli.
PLoS Genet
; 10(2): e1004120, 2014 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24586182
9.
Phylogenomic clustering for selecting non-redundant genomes for comparative genomics.
Bioinformatics
; 29(7): 947-9, 2013 Apr 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23396122
10.
Evaluating bias of illumina-based bacterial 16S rRNA gene profiles.
Appl Environ Microbiol
; 80(18): 5717-22, 2014 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25002428
11.
The evolutionary dynamics of functional modules and the extraordinary plasticity of regulons: the Escherichia coli perspective.
Nucleic Acids Res
; 40(15): 7104-12, 2012 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22618875
12.
Genetic interaction maps in Escherichia coli reveal functional crosstalk among cell envelope biogenesis pathways.
PLoS Genet
; 7(11): e1002377, 2011 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22125496
13.
DeepReg: a deep learning hybrid model for predicting transcription factors in eukaryotic and prokaryotic genomes.
Sci Rep
; 14(1): 9155, 2024 04 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38644393
14.
The pseudogenes of Mycobacterium leprae reveal the functional relevance of gene order within operons.
Nucleic Acids Res
; 39(5): 1732-8, 2011 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21051341
15.
Fast genome-based delimitation of Enterobacterales species.
PLoS One
; 18(9): e0291492, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37708115
16.
Comparative analysis of adenylate isopentenyl transferase genes in plant growth-promoting bacteria and plant pathogenic bacteria.
Heliyon
; 9(3): e13955, 2023 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36938451
17.
Sequence Similarity among Structural Repeats in the Piezo Family of Mechanosensitive Ion Channels.
Microb Physiol
; 33(1): 49-62, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37321192
18.
Global functional atlas of Escherichia coli encompassing previously uncharacterized proteins.
PLoS Biol
; 7(4): e96, 2009 Apr 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19402753
19.
FastANI, Mash and Dashing equally differentiate between Klebsiella species.
PeerJ
; 10: e13784, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35891643
20.
Non-synonymous to synonymous substitutions suggest that orthologs tend to keep their functions, while paralogs are a source of functional novelty.
PeerJ
; 10: e13843, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36065404