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1.
YeeD is an essential partner for YeeE-mediated thiosulfate uptake in bacteria and regulates thiosulfate ion decomposition.
PLoS Biol
; 22(4): e3002601, 2024 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38656967
2.
SPANA: Spatial decomposition analysis for cellular-scale molecular dynamics simulations.
J Comput Chem
; 45(8): 498-505, 2024 Mar 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37966727
3.
Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein.
Biophys J
; 120(6): 1060-1071, 2021 03 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33484712
4.
Efficient Flexible Fitting Refinement with Automatic Error Fixing for De Novo Structure Modeling from Cryo-EM Density Maps.
J Chem Inf Model
; 61(7): 3516-3528, 2021 07 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34142833
5.
Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC.
Nature
; 509(7501): 516-20, 2014 May 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24739968
6.
Molecular mechanisms for dynamic regulation of N1 riboswitch by aminoglycosides.
Nucleic Acids Res
; 46(19): 9960-9970, 2018 11 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30239867
7.
Dynamics of nitric oxide controlled by protein complex in bacterial system.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(37): 9888-9893, 2017 09 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28847930
8.
Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms.
Biochim Biophys Acta
; 1858(7 Pt B): 1635-51, 2016 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26766517
9.
Flexible fitting to cryo-EM density map using ensemble molecular dynamics simulations.
J Comput Chem
; 38(16): 1447-1461, 2017 06 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28370077
10.
GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms.
J Comput Chem
; 38(25): 2193-2206, 2017 09 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28718930
11.
Midpoint cell method for hybrid (MPI+OpenMP) parallelization of molecular dynamics simulations.
J Comput Chem
; 35(14): 1064-72, 2014 May 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24659253
12.
Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures.
Nature
; 455(7215): 988-91, 2008 Oct 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18923527
13.
GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models.
J Phys Chem B
; 2024 Jun 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38876465
14.
Efficient lookup table using a linear function of inverse distance squared.
J Comput Chem
; 34(28): 2412-20, 2013 Oct 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23934755
15.
Analysis of lipid surface area in protein-membrane systems combining Voronoi tessellation and Monte Carlo integration methods.
J Comput Chem
; 33(3): 286-93, 2012 Jan 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22102317
16.
Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules.
Curr Opin Struct Biol
; 72: 88-94, 2022 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34592697
17.
The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein.
Elife
; 112022 03 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35323112
18.
Crystal structure of the lipid flippase MurJ in a "squeezed" form distinct from its inward- and outward-facing forms.
Structure
; 30(8): 1088-1097.e3, 2022 08 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35660157
19.
Multi-Scale Flexible Fitting of Proteins to Cryo-EM Density Maps at Medium Resolution.
Front Mol Biosci
; 8: 631854, 2021.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33842541
20.
Optimized Hydrogen Mass Repartitioning Scheme Combined with Accurate Temperature/Pressure Evaluations for Thermodynamic and Kinetic Properties of Biological Systems.
J Chem Theory Comput
; 17(8): 5312-5321, 2021 Aug 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34278793