Detalles de la búsqueda
1.
Comprehensive evaluation of peptide de novo sequencing tools for monoclonal antibody assembly.
Brief Bioinform
; 24(1)2023 01 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36545804
2.
Mistle: bringing spectral library predictions to metaproteomics with an efficient search index.
Bioinformatics
; 39(6)2023 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37294786
3.
PepGM: a probabilistic graphical model for taxonomic inference of viral proteome samples with associated confidence scores.
Bioinformatics
; 39(5)2023 05 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37129543
4.
Tracking changes in adaptation to suspension growth for MDCK cells: cell growth correlates with levels of metabolites, enzymes and proteins.
Appl Microbiol Biotechnol
; 105(5): 1861-1874, 2021 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33582836
5.
Perspective on Proteomics for Virus Detection in Clinical Samples.
J Proteome Res
; 19(11): 4380-4388, 2020 11 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33090795
6.
TaxIt: An Iterative Computational Pipeline for Untargeted Strain-Level Identification Using MS/MS Spectra from Pathogenic Single-Organism Samples.
J Proteome Res
; 19(6): 2501-2510, 2020 06 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32362126
7.
Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for Seamless End-to-End Metaproteomics Data Analysis.
J Proteome Res
; 19(8): 3562-3566, 2020 08 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32431147
8.
Evaluating de novo sequencing in proteomics: already an accurate alternative to database-driven peptide identification?
Brief Bioinform
; 19(5): 954-970, 2018 09 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28369237
9.
Challenges and promise at the interface of metaproteomics and genomics: an overview of recent progress in metaproteogenomic data analysis.
Expert Rev Proteomics
; 16(5): 375-390, 2019 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31002542
10.
A Potential Golden Age to Come-Current Tools, Recent Use Cases, and Future Avenues for De Novo Sequencing in Proteomics.
Proteomics
; 18(18): e1700150, 2018 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29968278
11.
MPA Portable: A Stand-Alone Software Package for Analyzing Metaproteome Samples on the Go.
Anal Chem
; 90(1): 685-689, 2018 01 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29215871
12.
Metaproteomic data analysis at a glance: advances in computational microbial community proteomics.
Expert Rev Proteomics
; 13(8): 757-69, 2016 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27376173
13.
Comparative performance of four methods for high-throughput glycosylation analysis of immunoglobulin G in genetic and epidemiological research.
Mol Cell Proteomics
; 13(6): 1598-610, 2014 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24719452
14.
Tandem Mass Spectrum Sequencing: An Alternative to Database Search Engines in Shotgun Proteomics.
Adv Exp Med Biol
; 919: 217-226, 2016.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27975219
15.
Viewing the proteome: how to visualize proteomics data?
Proteomics
; 15(8): 1341-55, 2015 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25504833
16.
Navigating through metaproteomics data: a logbook of database searching.
Proteomics
; 15(20): 3439-53, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25778831
17.
Colonic metaproteomic signatures of active bacteria and the host in obesity.
Proteomics
; 15(20): 3544-52, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26255997
18.
The MetaProteomeAnalyzer: a powerful open-source software suite for metaproteomics data analysis and interpretation.
J Proteome Res
; 14(3): 1557-65, 2015 Mar 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25660940
19.
DeNovoGUI: an open source graphical user interface for de novo sequencing of tandem mass spectra.
J Proteome Res
; 13(2): 1143-6, 2014 Feb 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24295440
20.
JDet: interactive calculation and visualization of function-related conservation patterns in multiple sequence alignments and structures.
Bioinformatics
; 28(4): 584-6, 2012 Feb 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22171333