Detalles de la búsqueda
1.
Multiscale affinity maturation simulations to elicit broadly neutralizing antibodies against HIV.
PLoS Comput Biol
; 18(4): e1009391, 2022 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35442968
2.
ppdx: Automated modeling of protein-protein interaction descriptors for use with machine learning.
J Comput Chem
; 43(25): 1747-1757, 2022 09 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35930347
3.
Dynamic Connection between Enzymatic Catalysis and Collective Protein Motions.
Biochemistry
; 60(28): 2246-2258, 2021 07 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34250801
4.
Structure of the EmrE multidrug transporter and its use for inhibitor peptide design.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(34): E7932-E7941, 2018 08 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30082384
5.
A restrained locally enhanced sampling method (RLES) for finding free energy minima in complex systems.
J Chem Phys
; 153(12): 121103, 2020 Sep 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33003727
6.
Regulation and Plasticity of Catalysis in Enzymes: Insights from Analysis of Mechanochemical Coupling in Myosin.
Biochemistry
; 56(10): 1482-1497, 2017 03 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28225609
7.
Role of Protein Dynamics in Allosteric Control of the Catalytic Phosphoryl Transfer of Insulin Receptor Kinase.
J Am Chem Soc
; 137(39): 12454-7, 2015 Oct 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26374925
8.
Investigations of α-helixâß-sheet transition pathways in a miniprotein using the finite-temperature string method.
J Chem Phys
; 140(17): 175103, 2014 May 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24811667
9.
Free Energy Simulations of Receptor-Binding Domain Opening of the SARS-CoV-2 Spike Indicate a Barrierless Transition with Slow Conformational Motions.
J Phys Chem B
; 127(40): 8565-8575, 2023 10 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37756691
10.
Molecular Simulations of Conformational Transitions within the Insulin Receptor Kinase Reveal Consensus Features in a Multistep Activation Pathway.
J Phys Chem B
; 127(26): 5789-5798, 2023 07 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37363953
11.
A Coarse-Grained Model of Affinity Maturation Indicates the Importance of B-Cell Receptor Avidity in Epitope Subdominance.
Front Immunol
; 13: 816634, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35371013
12.
Molecular Simulation of Stapled Peptides.
Methods Mol Biol
; 2405: 283-301, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35298819
13.
On the Rapid Calculation of Binding Affinities for Antigen and Antibody Design and Affinity Maturation Simulations.
Antibodies (Basel)
; 11(3)2022 Aug 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35997345
14.
Free energy of conformational transition paths in biomolecules: the string method and its application to myosin VI.
J Chem Phys
; 134(8): 085103, 2011 Feb 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21361558
15.
Microsecond Molecular Dynamics Simulations of Proteins Using a Quasi-Equilibrium Solvation Shell Model.
J Chem Theory Comput
; 16(3): 1866-1881, 2020 Mar 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32045240
16.
The trajectory of intrahelical lesion recognition and extrusion by the human 8-oxoguanine DNA glycosylase.
Nat Commun
; 11(1): 4437, 2020 09 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32895378
17.
Role of framework mutations and antibody flexibility in the evolution of broadly neutralizing antibodies.
Elife
; 72018 02 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29442996
18.
Cytosolic expression, solution structures, and molecular dynamics simulation of genetically encodable disulfide-rich de novo designed peptides.
Protein Sci
; 27(9): 1611-1623, 2018 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30152054
19.
Coexisting origins of subdiffusion in internal dynamics of proteins.
Phys Rev E
; 95(6-1): 062403, 2017 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28709262
20.
A Simple and Accurate Method To Calculate Free Energy Profiles and Reaction Rates from Restrained Molecular Simulations of Diffusive Processes.
J Phys Chem B
; 120(33): 8457-72, 2016 08 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27135391