Detalles de la búsqueda
1.
Intermolecular Interactions between Cysteine and Aromatic Amino Acids with a Phenyl Moiety in the DNA-Binding Domain of Heat Shock Factor 1 Regulate Thermal Stress-Induced Trimerization.
Biochemistry
; 63(10): 1307-1321, 2024 May 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38688031
2.
Isomerization Pathways of a Mismatched Base Pair of A:8OG in Free Duplex DNA.
J Chem Inf Model
; 64(11): 4511-4517, 2024 Jun 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38767002
3.
Computational Probing of the Folding Mechanism of Human Telomeric G-Quadruplex DNA.
J Chem Inf Model
; 63(20): 6366-6375, 2023 10 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37782649
4.
Complete photodissociation dynamics of CF2I2 in solution.
Phys Chem Chem Phys
; 21(13): 6859-6867, 2019 Mar 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30882121
5.
Insilico direct folding of thrombin-binding aptamer G-quadruplex at all-atom level.
Nucleic Acids Res
; 45(22): 12648-12656, 2017 Dec 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29112755
6.
Free energy landscape and transition pathways from Watson-Crick to Hoogsteen base pairing in free duplex DNA.
Nucleic Acids Res
; 43(16): 7769-78, 2015 Sep 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26250116
7.
Rebinding dynamics of NO to microperoxidase-8 probed by time-resolved vibrational spectroscopy.
Phys Chem Chem Phys
; 18(7): 5192-202, 2016 Feb 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26813691
8.
Three-State Diffusion Model of DNA Glycosylase Translocation along Stretched DNA as Revealed by Free Energy Landscapes at the All-Atom Level.
J Chem Theory Comput
; 20(6): 2666-2675, 2024 Mar 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38451471
9.
Large tunneling effect on the hydrogen transfer in bis(µ-oxo)dicopper enzyme: a theoretical study.
J Am Chem Soc
; 134(7): 3524-31, 2012 Feb 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22276687
10.
Improving All-Atom Force Field to Accurately Describe DNA G-Quadruplex Loops.
J Phys Chem B
; 126(33): 6199-6209, 2022 08 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35951994
11.
Multiple stepwise pattern for potential of mean force in unfolding the thrombin binding aptamer in complex with Sr2+.
J Chem Phys
; 135(22): 225104, 2011 Dec 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22168729
12.
Free-Energy Landscape of a pH-Modulated G·C Base Pair Transition from Watson-Crick to Hoogsteen State in Duplex DNA.
J Chem Theory Comput
; 17(4): 2556-2565, 2021 Apr 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33689343
13.
Computational Probing of Temperature-Dependent Unfolding of a Small Globular Protein: From Cold to Heat Denaturation.
J Chem Theory Comput
; 17(1): 515-524, 2021 Jan 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33290071
14.
Improving Temperature Generator in Parallel Tempering Simulation in the NPT Condition.
J Chem Theory Comput
; 16(3): 1827-1833, 2020 Mar 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32032488
15.
Conformer-Specific Photodissociation Dynamics of CF2ICF2I in Solution Probed by Time-Resolved Infrared Spectroscopy.
J Phys Chem B
; 124(39): 8640-8650, 2020 10 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32892624
16.
All-atom ab initio native structure prediction of a mixed fold (1FME): a comparison of structural and folding characteristics of various beta beta alpha miniproteins.
J Chem Phys
; 131(19): 195102, 2009 Nov 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19929079
17.
Computational Probing of Watson-Crick/Hoogsteen Breathing in a DNA Duplex Containing N1-Methylated Adenine.
J Chem Theory Comput
; 15(1): 751-761, 2019 Jan 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30501194
18.
Free energy landscapes of a highly structured beta-hairpin peptide and its single mutant.
J Chem Phys
; 129(16): 165104, 2008 Oct 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19045319
19.
Direct folding simulation of alpha-helices and beta-hairpins based on a single all-atom force field with an implicit solvation model.
Proteins
; 66(1): 53-60, 2007 Jan 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17063490
20.
Predicting RNA Structures via a Simple van der Waals Correction to an All-Atom Force Field.
J Chem Theory Comput
; 13(2): 395-399, 2017 Feb 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28033005