Detalles de la búsqueda
1.
On the Uses of PCA to Characterise Molecular Dynamics Simulations of Biological Macromolecules: Basics and Tips for an Effective Use.
Chemphyschem
; 24(2): e202200491, 2023 01 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36285677
2.
Recognition and Binding of RsmE to an AGGAC Motif of RsmZ: Insights from Molecular Dynamics Simulations.
J Chem Inf Model
; 62(24): 6614-6627, 2022 12 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35470666
3.
Molecular diagnostic challenges for non-retinal developmental eye disorders in the United Kingdom.
Am J Med Genet C Semin Med Genet
; 184(3): 578-589, 2020 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32830442
4.
Positively Charged Residues in the Head Domain of P2X4 Receptors Assist the Binding of ATP.
J Chem Inf Model
; 60(2): 923-932, 2020 02 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31747275
5.
Molecular Dynamics Simulations of Substrate Release from Trypanosoma cruzi UDP-Galactopyranose Mutase.
J Chem Inf Model
; 59(2): 809-817, 2019 02 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30608160
6.
A Quasi-Classical Evaluation of the J-Shifting Approximation for the Reactive Cross Sections of F + CHD3 and F + CH4.
J Phys Chem A
; 123(33): 7237-7245, 2019 Aug 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31361132
7.
Consistent Principal Component Modes from Molecular Dynamics Simulations of Proteins.
J Chem Inf Model
; 57(4): 826-834, 2017 04 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28301154
8.
Non-adiabatic effects in F + CHD3 reactive scattering.
J Chem Phys
; 146(21): 214117, 2017 Jun 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28595412
9.
The Dynamic Behavior of the P2X4 Ion Channel in the Closed Conformation.
Biophys J
; 111(12): 2642-2650, 2016 Dec 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28002740
10.
Communication: Mode specific quantum dynamics of the F + CHD3 â HF + CD3 reaction.
J Chem Phys
; 144(17): 171101, 2016 May 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27155615
11.
New insights into the meaning and usefulness of principal component analysis of concatenated trajectories.
J Comput Chem
; 36(7): 424-32, 2015 Mar 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25516482
12.
A Quasiclassical Study of the F((2)P) + CHD3 (ν1 = 0,1) Reactive System on an Accurate Potential Energy Surface.
J Phys Chem A
; 119(50): 12209-17, 2015 Dec 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26270126
13.
Free-energy computations identify the mutations required to confer trans-sialidase activity into Trypanosoma rangeli sialidase.
Proteins
; 82(3): 424-35, 2014 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23999862
14.
Resonances in the entrance channel of the elementary chemical reaction of fluorine and methane.
Angew Chem Int Ed Engl
; 53(4): 1122-6, 2014 Jan 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24307593
15.
Fortuitous Correlations in Molecular Dynamics Simulations: Their Harmful Influence on the Probability Distributions of the Main Principal Components.
ACS Omega
; 9(18): 20488-20501, 2024 May 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38737025
16.
Dynamics and Function of sRNA/mRNAs Under the Scrutiny of Computational Simulation Methods.
Methods Mol Biol
; 2741: 207-238, 2024.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38217656
17.
The dynamics of the flavin, NADPH, and active site loops determine the mechanism of activation of class B flavin-dependent monooxygenases.
Protein Sci
; 33(4): e4935, 2024 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38501462
18.
Vibrational dynamics of the CH4·F- complex.
J Phys Chem A
; 116(46): 11249-59, 2012 Nov 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22731911
19.
A full-dimensional wave packet dynamics study of the photodetachment spectra of FCH4(-).
J Chem Phys
; 137(4): 044306, 2012 Jul 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22852617
20.
Molecular Dynamics Simulations Unveil the Basis of the Sequential Binding of RsmE to the Noncoding RNA RsmZ.
J Phys Chem B
; 125(12): 3045-3056, 2021 04 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33755488