Detalles de la búsqueda
1.
The SIRAH force field: A suite for simulations of complex biological systems at the coarse-grained and multiscale levels.
J Struct Biol
; 215(3): 107985, 2023 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37331570
2.
In silico induced effect of N-ε-lysine acetylation on microtubule stability and subsequent interaction of microtubule-associated proteins.
Cell Biol Int
; 47(9): 1547-1557, 2023 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37272280
3.
The Mechanism of Antimicrobial Small-Cationic Peptides from Coarse-Grained Simulations.
J Chem Inf Model
; 63(21): 6877-6889, 2023 11 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37905818
4.
AmberTools.
J Chem Inf Model
; 63(20): 6183-6191, 2023 Oct 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37805934
5.
Substrate Recognition Properties from an Intermediate Structural State of the UreA Transporter.
Int J Mol Sci
; 23(24)2022 Dec 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36555682
6.
Wrapping Up Viruses at Multiscale Resolution: Optimizing PACKMOL and SIRAH Execution for Simulating the Zika Virus.
J Chem Inf Model
; 61(1): 408-422, 2021 01 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33415985
7.
Post-Translational Modifications at the Coarse-Grained Level with the SIRAH Force Field.
J Chem Inf Model
; 60(2): 964-973, 2020 02 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31840995
8.
Coarse-Grained Parameters for Divalent Cations within the SIRAH Force Field.
J Chem Inf Model
; 60(8): 3935-3943, 2020 08 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32687361
9.
Dimerization confers increased stability to nucleases in 5' halves from glycine and glutamic acid tRNAs.
Nucleic Acids Res
; 46(17): 9081-9093, 2018 09 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29893896
10.
Mechanistic and biological characterisation of novel N5-substituted paullones targeting the biosynthesis of trypanothione in Leishmania.
J Enzyme Inhib Med Chem
; 35(1): 1345-1358, 2020 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32588679
11.
CGMD Platform: Integrated Web Servers for the Preparation, Running, and Analysis of Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations.
Molecules
; 25(24)2020 Dec 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33333836
12.
Imaging cAMP nanodomains in the heart.
Biochem Soc Trans
; 47(5): 1383-1392, 2019 10 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31670375
13.
Multiscale modelization in a small virus: Mechanism of proton channeling and its role in triggering capsid disassembly.
PLoS Comput Biol
; 14(4): e1006082, 2018 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29659564
14.
Exploring DNA dynamics within oligonucleosomes with coarse-grained simulations: SIRAH force field extension for protein-DNA complexes.
Biochem Biophys Res Commun
; 498(2): 319-326, 2018 03 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28958932
15.
Dissecting the conformational determinants of chitosan and chitlac oligomers.
Biopolymers
; 109(6): e23221, 2018 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29722914
16.
Revisiting the human polypeptide GalNAc-T1 and T13 paralogs.
Glycobiology
; 27(2): 140-153, 2017 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27913570
17.
Back and forth modeling through biological scales.
Biochem Biophys Res Commun
; 633: 39-41, 2022 12 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36344158
18.
The ataxia related G1107D mutation of the plasma membrane Ca2+ ATPase isoform 3 affects its interplay with calmodulin and the autoinhibition process.
Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis
; 1863(1): 165-173, 2017 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27632770
19.
SIRAH tools: mapping, backmapping and visualization of coarse-grained models.
Bioinformatics
; 32(10): 1568-70, 2016 05 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26773132
20.
Comparative analysis reveals amino acids critical for anticancer activity of peptide CIGB-552.
J Pept Sci
; 22(11-12): 711-722, 2016 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27933724