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1.
Developing a molecular dynamics force field for both folded and disordered protein states.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(21): E4758-E4766, 2018 05 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29735687
2.
RNA force field with accuracy comparable to state-of-the-art protein force fields.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(7): E1346-E1355, 2018 02 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29378935
3.
Mechanism of Coupled Folding-upon-Binding of an Intrinsically Disordered Protein.
J Am Chem Soc
; 142(25): 11092-11101, 2020 06 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32323533
4.
Identifying localized changes in large systems: Change-point detection for biomolecular simulations.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(24): 7454-9, 2015 Jun 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26025225
5.
Atomic-level description of ubiquitin folding.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 110(15): 5915-20, 2013 Apr 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23503848
6.
Interaction Networks in Protein Folding via Atomic-Resolution Experiments and Long-Time-Scale Molecular Dynamics Simulations.
J Am Chem Soc
; 137(20): 6506-16, 2015 May 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25924808
7.
Protein folding kinetics and thermodynamics from atomistic simulation.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 109(44): 17845-50, 2012 Oct 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22822217
8.
Refinement of protein structure homology models via long, all-atom molecular dynamics simulations.
Proteins
; 80(8): 2071-9, 2012 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22513870
9.
Structure and dynamics of an unfolded protein examined by molecular dynamics simulation.
J Am Chem Soc
; 134(8): 3787-91, 2012 Feb 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22339051
10.
Identification of two distinct inactive conformations of the beta2-adrenergic receptor reconciles structural and biochemical observations.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 106(12): 4689-94, 2009 Mar 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19258456
11.
Development of Force Field Parameters for the Simulation of Single- and Double-Stranded DNA Molecules and DNA-Protein Complexes.
J Phys Chem B
; 126(24): 4442-4457, 2022 06 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35694853
12.
Climate change effects on bread wheat phenology and grain quality: A case study in the north of Italy.
Front Plant Sci
; 13: 936991, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36017264
13.
How robust are protein folding simulations with respect to force field parameterization?
Biophys J
; 100(9): L47-9, 2011 May 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21539772
14.
Simulating micrometre-scale crystal growth from solution.
Nature
; 438(7064): 70-3, 2005 Nov 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16267550
15.
Improved side-chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field.
Proteins
; 78(8): 1950-8, 2010 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20408171
16.
A kinetic model of trp-cage folding from multiple biased molecular dynamics simulations.
PLoS Comput Biol
; 5(8): e1000452, 2009 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19662155
17.
Development of a Force Field for the Simulation of Single-Chain Proteins and Protein-Protein Complexes.
J Chem Theory Comput
; 16(4): 2494-2507, 2020 Apr 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31914313
18.
Exploring the folding free energy landscape of insulin using bias exchange metadynamics.
J Phys Chem B
; 113(11): 3556-64, 2009 Mar 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19243106
19.
Atomic-Level Description of Protein Folding inside the GroEL Cavity.
J Phys Chem B
; 122(49): 11440-11449, 2018 12 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30277396
20.
A bias-exchange approach to protein folding.
J Phys Chem B
; 111(17): 4553-9, 2007 May 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17419610