Detalles de la búsqueda
1.
CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for Transcription.
Cell
; 163(7): 1611-27, 2015 Dec 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26686651
2.
Promoter-pervasive transcription causes RNA polymerase II pausing to boost DOG1 expression in response to salt.
EMBO J
; 42(5): e112443, 2023 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36705062
3.
Hematopoietic stem cells undergo a lymphoid to myeloid switch in early stages of emergency granulopoiesis.
EMBO J
; 42(23): e113527, 2023 Dec 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37846891
4.
LoopSage: An energy-based Monte Carlo approach for the loop extrusion modeling of chromatin.
Methods
; 223: 106-117, 2024 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38295892
5.
Chromatin image-driven modelling.
Methods
; 226: 54-60, 2024 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38636797
6.
The dynamic role of cohesin in maintaining human genome architecture.
Bioessays
; 45(10): e2200240, 2023 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37603403
7.
3D-GNOME 3.0: a three-dimensional genome modelling engine for analysing changes of promoter-enhancer contacts in the human genome.
Nucleic Acids Res
; 51(W1): W5-W10, 2023 07 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37158257
8.
From DNA human sequence to the chromatin higher order organisation and its biological meaning: Using biomolecular interaction networks to understand the influence of structural variation on spatial genome organisation and its functional effect.
Semin Cell Dev Biol
; 121: 171-185, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34429265
9.
Unveiling the Molecular Mechanism of Trastuzumab Resistance in SKBR3 and BT474 Cell Lines for HER2 Positive Breast Cancer.
Curr Issues Mol Biol
; 46(3): 2713-2740, 2024 Mar 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38534787
10.
MCIBox: a toolkit for single-molecule multi-way chromatin interaction visualization and micro-domains identification.
Brief Bioinform
; 23(6)2022 11 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36094071
11.
BERTrand-peptide:TCR binding prediction using Bidirectional Encoder Representations from Transformers augmented with random TCR pairing.
Bioinformatics
; 39(8)2023 08 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37535685
12.
cudaMMC: GPU-enhanced multiscale Monte Carlo chromatin 3D modelling.
Bioinformatics
; 39(10)2023 10 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37774005
13.
ConsensuSV-from the whole-genome sequencing data to the complete variant list.
Bioinformatics
; 38(24): 5440-5442, 2022 12 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36315072
14.
Drug repurposing for identification of potential spike inhibitors for SARS-CoV-2 using molecular docking and molecular dynamics simulations.
Methods
; 203: 498-510, 2022 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35167916
15.
Disentangling the complexity of low complexity proteins.
Brief Bioinform
; 21(2): 458-472, 2020 03 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30698641
16.
3D-GNOME 2.0: a three-dimensional genome modeling engine for predicting structural variation-driven alterations of chromatin spatial structure in the human genome.
Nucleic Acids Res
; 48(W1): W170-W176, 2020 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32442297
17.
PartSeg: a tool for quantitative feature extraction from 3D microscopy images for dummies.
BMC Bioinformatics
; 22(1): 72, 2021 Feb 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33596823
18.
One protein to rule them all: The role of CCCTC-binding factor in shaping human genome in health and disease.
Semin Cell Dev Biol
; 90: 114-127, 2019 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30096365
19.
Free energy-based model of CTCF-mediated chromatin looping in the human genome.
Methods
; 181-182: 35-51, 2020 10 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32645447
20.
Spring Model - Chromatin Modeling Tool Based on OpenMM.
Methods
; 181-182: 62-69, 2020 10 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31790732