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1.
Structural Dynamics of the Methyl-Coenzyme M Reductase Active Site Are Influenced by Coenzyme F430 Modifications.
Biochemistry
; 2024 Jun 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38914925
2.
Differences in Conformational Sampling and Intrinsic Electric Fields Drive Ion Binding in Telomeric and TERRA G-Quadruplexes.
J Chem Inf Model
; 63(21): 6851-6862, 2023 11 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37847037
3.
TUPÃ: Electric field analyses for molecular simulations.
J Comput Chem
; 43(16): 1113-1119, 2022 06 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35460102
4.
ConfID: an analytical method for conformational characterization of small molecules using molecular dynamics trajectories.
Bioinformatics
; 36(11): 3576-3577, 2020 06 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32105299
5.
Making it Rain: Cloud-Based Molecular Simulations for Everyone.
J Chem Inf Model
; 61(10): 4852-4856, 2021 10 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34595915
6.
The Lazy Life of Lipid-Linked Oligosaccharides in All Life Domains.
J Chem Inf Model
; 60(2): 631-643, 2020 02 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31769974
7.
Rotational Profiler: A Fast, Automated, and Interactive Server to Derive Torsional Dihedral Potentials for Classical Molecular Simulations.
J Chem Inf Model
; 60(12): 5923-5927, 2020 12 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33213140
8.
Influence of Na+ and Mg2+ ions on RNA structures studied with molecular dynamics simulations.
Nucleic Acids Res
; 46(10): 4872-4882, 2018 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29718375
9.
An Unusual Intramolecular Halogen Bond Guides Conformational Selection.
Angew Chem Int Ed Engl
; 57(31): 9970-9975, 2018 07 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29873877
10.
A porcine circovirus-2 mutant isolated in Brazil contains low-frequency substitutions in regions of immunoprotective epitopes in the capsid protein.
Arch Virol
; 160(11): 2741-8, 2015 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26271152
11.
Differences in Conformational Sampling and Intrinsic Electric Fields Drive Ion Binding in Telomeric and TERRA G-Quadruplexes.
bioRxiv
; 2023 Aug 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37645825
12.
Monomeric and dimeric states of human ZO1-PDZ2 are functional partners of the SARS-CoV-2 E protein.
Comput Struct Biotechnol J
; 21: 3259-3271, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37293240
13.
Integration of Experimental Data and Use of Automated Fitting Methods in Developing Protein Force Fields.
Commun Chem
; 52022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35382231
14.
Role of structural ions on the dynamics of the Pseudomonas fluorescens 07A metalloprotease.
Food Chem
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30827612
15.
Development of GROMOS-Compatible Parameter Set for Simulations of Chalcones and Flavonoids.
J Phys Chem B
; 123(5): 994-1008, 2019 02 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30624922
16.
Discovery of novel West Nile Virus protease inhibitor based on isobenzonafuranone and triazolic derivatives of eugenol and indan-1,3-dione scaffolds.
PLoS One
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Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31557229
17.
Aromatic Rings Commonly Used in Medicinal Chemistry: Force Fields Comparison and Interactions With Water Toward the Design of New Chemical Entities.
Front Pharmacol
; 9: 395, 2018.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29740321
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ESI-MS/MS of expanded porphyrins: a look into their structure and aromaticity.
J Mass Spectrom
; 51(5): 342-9, 2016 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27194518
19.
[28]Hexaphyrin derivatives for anion recognition in organic and aqueous media.
Chem Commun (Camb)
; 52(10): 2181-4, 2016 Feb 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26725320
20.
Rotational Profiler: A Fast, Automated, and Interactive Server to Derive Torsional Dihedral Potentials for Classical Molecular Simulations
Artículo
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| ARCA | ID: arc-57694