Detalles de la búsqueda
1.
The Tree Reconstruction Game: Phylogenetic Reconstruction Using Reinforcement Learning.
Mol Biol Evol
; 41(6)2024 Jun 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38829798
2.
Effect of tokenization on transformers for biological sequences.
Bioinformatics
; 40(4)2024 Mar 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38608190
3.
Statistical framework to determine indel-length distribution.
Bioinformatics
; 40(2)2024 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38269647
4.
Evaluation of the Ability of AlphaFold to Predict the Three-Dimensional Structures of Antibodies and Epitopes.
J Immunol
; 211(10): 1578-1588, 2023 11 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37782047
5.
GenomeFLTR: filtering reads made easy.
Nucleic Acids Res
; 51(W1): W232-W236, 2023 07 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37177997
6.
Evolution of myxozoan mitochondrial genomes: insights from myxobolids.
BMC Genomics
; 25(1): 388, 2024 Apr 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38649808
7.
A phage mechanism for selective nicking of dUMP-containing DNA.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(23)2021 06 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34074772
8.
An Approximate Bayesian Computation Approach for Modeling Genome Rearrangements.
Mol Biol Evol
; 39(11)2022 11 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36282896
9.
Effectidor: an automated machine-learning-based web server for the prediction of type-III secretion system effectors.
Bioinformatics
; 38(8): 2341-2343, 2022 04 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35157036
10.
A LASSO-based approach to sample sites for phylogenetic tree search.
Bioinformatics
; 38(Suppl 1): i118-i124, 2022 06 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35758778
11.
A Probabilistic Model for Indel Evolution: Differentiating Insertions from Deletions.
Mol Biol Evol
; 38(12): 5769-5781, 2021 12 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34469521
12.
PASA: Proteomic analysis of serum antibodies web server.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008607, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33493161
13.
ModelTeller: Model Selection for Optimal Phylogenetic Reconstruction Using Machine Learning.
Mol Biol Evol
; 37(11): 3338-3352, 2020 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32585030
14.
M1CR0B1AL1Z3R-a user-friendly web server for the analysis of large-scale microbial genomics data.
Nucleic Acids Res
; 47(W1): W88-W92, 2019 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31114912
15.
Ancestral sequence reconstruction: accounting for structural information by averaging over replacement matrices.
Bioinformatics
; 35(15): 2562-2568, 2019 08 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30590382
16.
Multiple Sequence Alignment Averaging Improves Phylogeny Reconstruction.
Syst Biol
; 68(1): 117-130, 2019 01 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29771363
17.
A Simulation-Based Approach to Statistical Alignment.
Syst Biol
; 68(2): 252-266, 2019 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30239957
18.
Phage display peptide libraries: deviations from randomness and correctives.
Nucleic Acids Res
; 46(9): e52, 2018 05 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29420788
19.
TraitRateProp: a web server for the detection of trait-dependent evolutionary rate shifts in sequence sites.
Nucleic Acids Res
; 45(W1): W260-W264, 2017 07 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28453644
20.
SpartaABC: a web server to simulate sequences with indel parameters inferred using an approximate Bayesian computation algorithm.
Nucleic Acids Res
; 45(W1): W453-W457, 2017 07 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28460062